Modeli molekule vode u simulacijama molekulske dinamike

undergraduate thesis

• Author: Borna Bednjanec
• Mentor: Gordan Horvat (mentor)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Science; (Department of Chemistry); Zagreb
• Defense date and country: 2021-09-24, Croatia
• Scientific / art field, discipline and subdiscipline: NATURAL SCIENCES; Chemistry

Abstract

Modeli vode računalne su tehnike koje se koriste u svrhu proučavanja strukture i fizikalnih
svojstava vode. Međusobno se razlikuju s obzirom na način na koji opisuju monomere
(molekule) vode i njihove međusobne interakcije. Najjednostavniji rigidni modeli interakcije
molekula vode opisuju elektrostatskim i van der Waalsovim interakcijama (Coulombovim i
Lennard-Jonesovim potencijalima). Polarizabilni i fleksibilni modeli vode unaprjeđuju
jednostavne modele opisivanjem polarizacijskih efekta i intramolekulskih interakcija.
Općenito su parametrizirani s ciljem reproduciranja specifičnih fizikalnih svojstava vode te
pokazuju dobro slaganje s njihovim eksperimentalnim vrijednostima. Velik broj jednostavnih
modela, poput SPC i TIPnP, koriste se kao eksplicitna otapala u simulacijama molekulske
dinamike bioloških makromolekula. Premda je ostvaren velik napredak u njihovom razvoju,
modeli vode, zbog svoje nepouzdanosti, ne mogu poslužiti kao zamjena za klasične
eksperimente.

• Keywords: voda; molekularna dinamika
• Language: croatian
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:615068
• Study programme: Title: Undergraduate university studies in chemistry; Study programme type: university; Study level: undergraduate; Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) kemije (sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) kemije)
• Type of resource: Text
• File origin: Born digital
• Access conditions: Open access
• Created on: 2021-10-20 11:06:53