Karakterizacija gena iz porodice p53 u dagnji Mytilus galloprovincialis

doctoral thesis

• Title (english): Characterization of p53 gene family in mussel Mytilus galloprovincialis
• Author: Ana Baričević; MBZ: 305782
• Mentor: Mauro Štifanić (mentor); MBZ: 251681
• Committee member: Renato Batel (predsjednik povjerenstva); MBZ: 92412
• Committee member: Goran Klobučar (član povjerenstva)
• Committee member: Bojan Hamer (član povjerenstva)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Science; (Department of Geology); Zagreb
• Defense date and country: 2015-06-15, Croatia
• Scientific / art field, discipline and subdiscipline: NATURAL SCIENCES; Interdisciplinary Natural Sciences; Marine Science
• Universal decimal classification (UDC): 55 - Geology. Meteorology. Hydrology ; 575 - General genetics. General cytogenetics ; 57 - Biological sciences. Physical anthropology. Biodiversity

Abstract

Geni porodice p53 (p53, p63 i p73) imaju uloge u važnim staničnim procesima kao što su zastoj staničnog ciklusa, apoptoza i procesi diferencijacije. U ovom radu identificirana su i karakterizirana četiri nepotpuna kodirajuća slijeda porodice p53 (cDNA1-4) i prvi poznati cjeloviti genomski slijed homologa porodice p53 mediteranske dagnje Mytilus galloprovincialis. Struktura gena homologa porodice p53 mediteranske dagnje najsličnija je genu p63 kralješnjaka te potvrđuje p63 kao ishodišni gen porodice p53 i jedini gen prisutan kod beskralješnjaka. Gen p63 dagnje M. galloprovincialis obuhvaća 20620 pb i organiziran je u 15 egzona povezanih sa 14 introna. Analiza je utvrdila da četiri nova kodirajuća slijeda mediteranske dagnje (cDNA1-4) kodiraju proteinske izoforme TAp63 ili TAp63 te su i svi drugi poznati sljedovi porodice p53 mekušaca identificirani kao gen p63 ili njegove ekspresijske izoforme. Očuvana struktura gena p63 koljena Mollusca utvrđena je usporedbom strukture gena p63 mediteranske dagnje sa ostalim ortolozima, pronađenim u sekvenciranim genomima mekušaca Aplysia californica, Lottia gigantea, Crassostrea gigas i Biomphalaria glabrata. Analize su također utvrdile moguće pogreške anotacija gena p63 u sekvenciranim genomima te je time istaknuta vrijednost korištenja sravnjenja poznatih (referentnih) kodirajućih sljedova s novosekvenciranim genomskim sljedovima za pouzdanu anotaciju sekvenciranih genoma.

Abstract (english)

P53 gene family members (p53, p63 and p73) are involved in crucial cellular functions such as cell-cycle arrest, apoptosis and development. In this study four partial p53 family cDNAs (cDNA1-4) and the first complete genomic sequence of the p53 family homologue in the mollusc Mediterranean mussel Mytilus galloprovincialis were identified and characterized. Results indicate gene structure of M.galloprovincialis p53 family homologue to be most similar to vertebrate p63 gene, considering p63 as the ancestral gene of the p53 family as well as the only gene of the family present in non-chordate metazoan species. The M.galoprovincialis p63 gene spans through 20620 base pairs (bp) and is composed of 15 egzons interrupted with 14 introns. Analysis showed the new M.galloprovincialis cDNA (cDNA1-4) sequences code for TAp63 or TAp63 isoforms, and identified all other molluscan p53 family sequences as p63 gene or its expression isoforms. Comparison of M.galloprovincialis p63 gene structure with other orthologues, found in sequenced genomes of four molluscs (Aplysia californica, Lottia gigantea, Crassostrea gigas and Biomphalaria glabrata), revealed the conserved p63 gene structure in the phylum Mollusca. Analyses also detected possible mis-annotations of the p63 gene in sequenced molluscan genomes and stressed the value of manual inspection (based on alignments of cDNA and protein onto the genome sequence) for a reliable and complete gene annotation.

• Keywords: Mollusca; Mytilus; ortolog; p53; p63; p73; genom; anotacija gena
• Keywords (english): Mollusca; Mytilus; orthologue; p53; p63; p73; genome; annotation
• Language: croatian
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:451913
• Study programme: Title: Interdisciplinary doctoral study in Oceanology; Study programme type: university; Study level: postgraduate; Academic / professional title: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje interdisciplinarne prirodne znanosti (znanost o moru) (doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje interdisciplinarne prirodne znanosti (znanost o moru))
• Type of resource: Text
• Extent: 108 (+ X) str. ; 31 cm
• File origin: Born digital
• Access conditions: Open access
• Public note: Ovaj je doktorski rad izrađen u Centru za istraživanje mora Instituta Ruđer Bošković u Rovinju u sklopu Sveučilišnog poslijediplomskog doktorskog studija Oceanologije pri Geološkom odsjeku Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.
• Created on: 2017-02-14 13:38:07