Uloga kompleksa Ccr4-Not u transkripciji heterokromatinskih gena u kvasca Schizosaccharomyces pombe

master's thesis

• Title (english): Role of the Ccr4-Not complex in heterochromatic gene transcription in Schizosaccharomyces pombe
• Author: Haris Amedi
• Mentor: Mario Halić (mentor)
• Mentor: Vlatka Zoldoš (mentor)
• Committee member: Vlatka Zoldoš (predsjednik povjerenstva)
• Committee member: Dijana Škorić (član povjerenstva)
• Committee member: Nada Oršolić (član povjerenstva)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Science; (Department of Biology); Zagreb
• Defense date and country: 2019-09-30, Croatia
• Scientific / art field, discipline and subdiscipline: NATURAL SCIENCES; Biology

Abstract

Proteinski kompleks Ccr4-Not je uključen u regulaciju ekspresije gena u eukariotskim stanicama na više razina, od inicijacije transkripcije do degradacije molekula RNA (Collart, 2016). Duge nekodirajuće molekule RNA (eng. long non-coding RNA, lncRNA), koje su transkripti heterokromatinskih sekvenci, također su pod nadzorom ovog kompleksa. U kvasca Schizosaccharomyces pombe, nakupljanje lncRNA unutar jezgre rezultira gubitkom heterokromatina i narušava integritet kromosoma; stoga ih je potrebno ukloniti za očuvanje strukture heterokromatina. Prema tome, Ccr4-Not je neophodan za održavanje organizacije heterokromatina, putem razgradnje transkripata lncRNA (Brönner i sur., 2017). Cilj ovog rada je odrediti promjenu u razini prepisivanja heterokromatinskih područja u različitim mutantama podjedinica kompleksa Ccr4-Not te istražiti koji su stanični putevi zahvaćeni kada je ovaj kompleks izvan funkcije. U tu svrhu primijenjena je metoda RNA imunoprecipitacije popraćena sekvenciranjem nove generacije (RIP-seq). Pomoću specifičnog antitijela protiv RNA polimeraze II, transkripti koji potječu od heterokromatina su izolirani i pripremljene su biblioteke RNA. Visoko protočno sekvenciranje biblioteka RNA je izvedeno na platformi Illumina GA IIX. Podaci o sekvenciranju obrađeni su i analizirani različitim bioinformatičkim alatima. Usporedba transkripcije između divljeg tipa i mutantnih sojeva S. pombe omogućila je kvantificiranje promjene u prepisivanju heterokromatina, detektiranje gena čija je transkripcija povećana te otkrivanje oštećenih staničnih procesa i metaboličkih puteva u mutantama kompleksa Ccr4-Not.

• Keywords: heterokromatin; Ccr4-Not; transkripcija; imunoprecipitacija; sekvenciranje; duge nekodirajuće RNA
• Language: croatian
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:933395
• Study programme: Title: Molecular Biology; Study programme type: university; Study level: graduate; Academic / professional title: magistar/magistra molekularne biologije (magistar/magistra molekularne biologije)
• Type of resource: Text
• File origin: Born digital
• Access conditions: Open access; Embargo expiration date: 2021-10-09
• Created on: 2019-10-14 07:23:38