Bioinformatičke metode sastavljanja genoma de novo

završni rad

• Naslov (engleski): Bioinformatics methods of de novo genome assembly
• Autor: Dunja Glavaš
• Mentor: Kristian Vlahoviček (mentor)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2014, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Tehnologije sljedeće generacije omogućile su brzo i jeftino sekvenciranje genoma. Programi za sastavljanje obrađuju izlazne podatke takvih eksperimenata. Pri sastavljanju cjelovite sekvence iz fragmentiranih sljedova oslanjaju se na neki od tri pristupa: pohlepni algoritam, metodu OLC ili de Bruijnov graf. Rad ukratko opisuje svaki od tri algoritma te proces sklapanja okvira, koji je sljedeći korak kod slaganja genoma.

Sažetak (engleski)

Next-generation technologies have made genome sequencing cheap and fast. Genome assemblers are programs which process output data from such experiments. When computing a complete genomic sequence from many smaller fragments, they take one of the three main approaches: greedy, OLC or de Bruijn graph. This paper describes the main points in each of the three algorithms, as well as the scaffolding process, which is the next step in genome assembly.

• Ključne riječi: genom
• Ključne riječi (engleski): genome
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:611407
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) molekularne biologije (univ. bacc. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-12-06 13:11:08