Detekcija novootkrivenih mutacija u genu CYP2D6 u romskoj populaciji Hrvatske

diplomski rad

• Naslov (engleski): Detection newely descovered mutations in CYP2D6 gene in the Croatian Roma population
• Autor: Lucija Žunić
• Mentor: Matea Zajc Petranović (mentor)
• Mentor: Petra Korać (mentor)
• Član povjerenstva: Petra Korać (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ana Galov (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Jasna Lajtner (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Martina Šeruga Musić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-02-22, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Gen CYP2D6 spada u skupinu farmakogena koji sintetiziraju proteine uključene u apsorpciju, distribuciju, metabolizam i ekstrakciju (ADME) lijekova u organizmu. Ovaj gen smješten je na regiji 22q13.2, dugačak je 9,7 kb i kodira protein uključen u metabolizam antidepresiva, antipsihotika, neuroleptika, kao i lijekova koji sluţe za prevenciju kardiovaskularnih bolesti. U različitim se populacijama javljaju različite vrste genskih varijacija gena CYP2D6 s različitim učestalostima. Sekvenciranjem gena CYP2D6 na uzorku 323 hrvatskih Roma metodom sekvenciranja sljedeće generacije, kod 141 ispitanika otkrivene su nove mutacije. U ovom radu umnoţeni su dijelovi gena CYP2D6 prethodno okarakterizirani kao novootkrivene mutacije te je sekvenciranje ponovljeno Sangerovom metodom. PotvrĎena je mutacija na lokaciji chr22:42.129.127 (GRCh38) te je ustanovljena prevalencija od 0,159% u romskom uzorku. Preostale dvije mutacije nisu potvrĎene te je ustanovljena greška prilikom sekvenciranja metodom sljedeće generacije. Korištenjem softvera Protein Variant Effect Analyzer utvrĎeno je da se novootkrivena mutacija nalazi u protein-kodirajućoj regiji, no kako dovodi do sinonimne, odnosno tihe supstitucije, ovom promjenom nukleotida ne dolazi do zamjene aminokiseline odnosno do promjene strukture proteina.

Sažetak (engleski)

CYP2D6 gene belongs to a group of pharmacogens that synthesize proteins involved in the absorption, distribution, metabolism and extraction (ADME) of drugs. This 9.7 kb long gene is located in the 22q13.2 region and encodes the protein involved in the metabolism of antidepressants, antipsychotics, neuroleptics, and drugs used to prevent cardiovascular disease. Different populations show different genetic variants of the CYP2D6 gene with different frequencies. By sequencing the CYP2D6 gene on a sample of 323 Croatian Roma by next generation sequencing, new mutations were detected in 141 subjects. In this paper, the regions of the CYP2D6 gene in which new mutations were found, were amplified and sequencing was repeated by Sanger's method. Mutation was confirmed at location chr22:42.129.127 (GRCh38) with a prevalence of 0.159% in the Roma. Other two mutations were not confirmed, but an error that occurred during sequencing by the next generation method was established. Using the Protein Variant Effect Analyzer software, the newly discovered mutation is within the protein-coding region, but as a result of synonyms, ie silent substitution, this SNP does not result in the replacement of the amino acid or the change of the protein structure.

• Ključne riječi: farmakogeni; gen CYP2D6; Romi; sekvenciranje metodom po Sangeru; mutacije; projekt ADMEROMA
• Ključne riječi (engleski): pharmacogene; CYP2D6 gene; Roma; Sanger sequencing; mutations; ADMEROMA project
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:578502
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2021-02-22
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-04-10 09:13:55