Određivanje interakcije bakrovih iona i proteina CrdA iz bakterije Helicobacter pylori

diplomski rad

• Naslov (engleski): Determination of the interaction of copper ions and CrdA protein from Helicobacter pylori
• Autor: Mihovil Faletar
• Mentor: Dubravka Matković-Čalogović (mentor)
• Član povjerenstva: Dubravka Matković-Čalogović (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Morana Dulić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Iva Juranović Cindrić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Biserka Prugovečki (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Kemijski odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-09-30, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija

Sažetak

Proučavan je protein CrdA humanog patogena bakterije Helicobacter pylori. Smatra se da
protein CrdA sudjeluje u transportu iona bakra. U svrhu ispitivanja mehanizma regulacije iona
bakra u H. pylori i dobivanja proteina CrdA provedena je prekomjerna ekspresija dva fuzijska
proteina SUMO-G-CrdA i GST-CrdA u bakteriji Escherichia coli. Provedena su pročišćavanja
fuzijskih i porezanih proteina pomoću afinitetne kromatografije, gel-filtracije i ionskoizmjenjivačke
kromatografije. Optimizirane su metode rezanja i pročišćavanja u svrhu
dobivanja što čišćih uzoraka proteina CrdA. Ispitana je stabilnost fuzijskog proteina SUMO-GCrdA
mjerenjem temperature denaturacije proteina pri različitim uvjetima kao i DLS metodom.
Ustanovljeno je da je najveća stabilnost fuzijskog proteina u otopini koja sadrži Cu2+ ione što
bi moglo upućivati na stvaranje interakcije između proteina CrdA i Cu2+ iona. Ispitivanjem
interakcije proteina CrdA i Cu2+ iona mikrotermoforezom određena je konstanta disocijacije
kompleksa CrdA:Cu2+ koja iznosi 7,98 (± 1,94) μmol dm-3.

Sažetak (engleski)

Protein CrdA from the human pathogen Helicobacter pylori was studied. The CrdA protein is thought to participate in the transport of copper ions. In order to investigate the mechanism of copper ion regulation in H. pylori and to obtain the CrdA protein, overexpression of two fusion proteins SUMO-G-CrdA and GST-CrdA was performed in the Escherichia coli. Purification of fusion and cleaved proteins was performed using affinity chromatography, gel-filtration and ion-exchange chromatography. Cleavage and purification were optimized to obtain pure CrdA protein samples. Stability of the fusion protein SUMO-G-CrdA was tested by measuring change in the thermal denaturation temperature under varying conditions and by the DLS method. The highest stability of the fusion protein was found to be in the Cu2+ solution suggesting a possible interaction between the CrdA protein and Cu2+ ions. The protein complex CrdA:Cu2+ dissociation constant was determined by microthermophoresis and its value was determined to be 7.98 (± 1.94) μmol dm−3.

• Ključne riječi: bakar; CrdA; Helicobacter pylori; humani patogen; mikrotermoforeza
• Ključne riječi (engleski): CrdA; copper; Helicobacter pylori; human patogen; microscale thermophoresis
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:415997
• Studijski program: Naziv: Kemija; smjerovi: istraživački; Smjer: istraživački; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-10-22 11:40:04