Uloga p97/VCP AAA ATPaze u popravku unakrsnog vezanja DNA i proteina

diplomski rad

• Naslov (engleski): The role of p97/VCP AAA ATPase in the repair of DNA-protein crosslinks
• Autor: Valentin Dakić
• Mentor: Marta Popović (mentor)
• Član povjerenstva: Morana Dulić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Iva Juranović Cindrić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Đani Škalamera (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Marko Močibob (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Kemijski odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2020-12-22, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija

Sažetak

Unakrsna veza između DNA i proteina (engl. DNA-protein crosslink, DPC) je tip oštećenja DNA koje nastaje kao posljedica stvaranja ireverzibilne kovalentne veze između DNA i proteina u prisutnosti endogenog ili egzogenog DPC-inducirajućeg agensa. Nemogućnost popravka DPC-a uzrokuje genomsku nestabilnost i teške posljedice za organizam, uključujući preuranjeno starenje, neurodegeneraciju i pojavu tumora. ATPaza p97 tvori kompleks s glavnim čimbenikom popravka DPC-a, SPRTN metaloproteazom. Međutim, uloga p97 u ovom putu DNA popravka nije poznata, te je stoga cilj ovog rada istražiti sudjeluje li i na koji način p97 u popravku DPC-a i u kakvom je odnosu sa SPRTN proteazom. U tu su svrhu prekomjerno eksprimirani i pročišćeni humani proteini p97 i njegov interaktor SPRTN radi kasnije strukturne i biokemijske analize njihovog kompleksa krio-elektronskom mikroskopijom. Provedena je i analiza ekspresije p97 i SPRTN gena (na razini mRNA) u tkivima dvaju modelnih organizama, ribe zebrice (Danio rerio) i domaćeg miša (Mus musculus), kako bi se usporedio ekspresijski profil p97 i SPRTN gena kroz tkiva te među organizmima.

Sažetak (engleski)

DNA-protein crosslink (DPC) is a type of DNA damage that occurs as a result of the formation of an irreversible covalent bond between DNA and protein in the presence of an endogenous or exogenous DPC-inducing agent. The inability to repair DPCs causes genomic instability and severe consequences for the organism, including premature aging, neurodegeneration, and tumor appearance. ATPase p97 forms a complex with the major DPC repair factor, SPRTN metalloprotease. However, the role of p97 in this pathway of DNA repair is unknown, and therefore the aim of this thesis is to get closer to answering whether and in what way p97 participates in DPC repair and what is its relation to SPRTN protease. For this purpose, human proteins p97 and its interactor SPRTN were overexpressed and purified for subsequent structural and biochemical analysis of their complex by cryo-electron microscopy. Expression analysis of p97 and SPRTN genes (at the mRNA level) in the tissues of two model organisms, zebrafish (Danio rerio) and mice (Mus musculus) was performed to compare the expression profile of p97 and SPRTN genes across tissues and organisms.

• Ključne riječi: ATPaza p97/VCP; ekspresija gena; izolacija proteina; izolacija ukupne RNA; kvantitativni PCR; metaloproteaza SPRTN; unakrsna veza DNA-protein
• Ključne riječi (engleski): ATPase p97/VCP; DNA-protein crosslink; gene expression; protein isolation; quantitative PCR; SPRTN metalloprotease; total RNA isolation
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:726279
• Studijski program: Naziv: Kemija; smjerovi: istraživački; Smjer: istraživački; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2022-12-22
• Datum i vrijeme pohrane: 2021-02-16 12:23:14