Biokemijska i biofizička karakterizacija domene G ljudskog gvanilat vezujućeg protein 3 (hGBP3)

diplomski rad

• Naslov (engleski): Biochemical and biophysical characterization of G domain of human guanylate binding protein 3 (hGBP3)
• Autor: Marija Kovačević
• Mentor: Nada Oršolić (mentor)
• Član povjerenstva: Nada Oršolić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mirjana Kalafatić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mirjana Pavlica (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Sven Jelaska (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2012-04-17, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Ljudski gvanilat vezujući protein 3 pripada grupi interferonom induciranih GTPaza i uključen je u urođeni imunosni odgovor. Jedan od ključnih procesa u obavljanju njegove funkcije je hidroliza, koja se odvija na velikoj G (LG) domeni. Ciljevi ovog rada su bili purifikacija i determinacija osnovnih biokemijskih i biofizičkih karakteristika. Analiza vezenja za nukleotide i kinetika su pokazala da je raspon vezanja nukleotida za protein mikromolarni, iako manji u slučaju GTP analoga, a viši kod m-GMP-a i m- GDP-a. Hidrolitička aktivnost je bila manja u usporedbi s referentnim hGBP1 LG (44. 1 min⁻¹), 22.8 min⁻¹ i konstanta disocijacije je bila 1.3 μM. Analitička gel filtracija je pokazala da je protein monomeran, te da ne pokazuje oligomerizaciju ovisnu o nukleotidima, no pretpostavlja se da je ovo bio slučaj zbog visoke koncentracije soli. hGBP3 LG pokazuje karakteristike tipične za GBP porodicu, iako se treba napraviti još istraživanja da bi se dobila kompletna biokemijska i biofizička analiza.

Sažetak (engleski)

Human guanylate binding protein 3 is one of the members of interferon inducible GTPases and is a protein involved in innate immune response. One of the key processes in preforming its function is hydrolysis, which takes place on large GTPase (LG) domain. Aims of this work were to purify the protein and to determine basic biochemical and biophysical features. Analysis of nucleotide binding and its kinetics showed that the range of nucleotide- protein binding is micromolar, although lower in the case of GTP analogues, and higher in m-GMP and m-GDP. Hydrolytic activity was lower in comparison to refered hGBP1 LG (44. 1 min⁻¹), 22.8 min⁻¹, and dissociation constant was 1.3 μM. Analytical gel filtration showed that the protein is monomeric, without showing nucleotide dependent oligomerization, but it is assumed that this was due to high salt concentration. It shows characteristics typical for GBP family, although more researches need to be done to complete the whole biochemical and biophysical analysis.

• Ključne riječi: hGBP3; G domena; hidroliza; vezanje nukleotida; oligomerizacija ovisna o nukleotidima
• Ključne riječi (engleski): hGBP3; G domain; hydrolysis; nucleotide binding; nucleotide dependent oligomerization
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:962104
• Studijski program: Naziv: Eksperimentalna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra eksperimentalne biologije (mag. biol. exp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-05-02 09:08:07