Teorijska konformacijska analiza cikličkih i acikličkih molekula

disertacija

• Naslov (engleski): Theoretical conformational analysis of cyclic and acyclic molecules
• Autor: Karlo Sović
• Mentor: Tomica Hrenar (mentor)
• Član povjerenstva: Ivan Kodrin (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Gordan Horvat (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivan Ljubić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Kemijski odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2022-04-29, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija
• Univerzalna decimalna klasifikacija (UDC): 54 - Kemija. Kristalografija. Mineralogija

Sažetak

Konformacijska analiza obuhvaća široko područje istraživanja molekularnih struktura, a uz izračun odgovarajućih termodinamičkih veličina može se dobiti opis stabilnosti sustava i objašnjenje njegovih kemijskih svojstava te reaktivnosti. U okviru ovog istraživanja određeni su potpuni konformacijski prostori odabranih skupova cikličkih i acikličkih molekula metodom sustavnog pretraživanja koristeći postojeći algoritam za rigidno pretraživanje (engl. rigid scan) i novorazvijeni algoritam za prilagodljivo relaksirano pretraživanje (engl. adaptive relaxed scan) te metodom pretrage reduciranog prostora trajektorija molekularnih dinamika određenog komponentama dekompozicije tenzora drugoga i trećeg reda. Trajektorije molekularne dinamike sadrže sve steričke informacije o kemijskim strukturama molekula u istraživanom sustavu no teškoću predstavlja ogroman broj struktura koje je potrebno uzorkovati za potpunu konformacijsku analizu. Algoritam za prilagodljivo relaksirano pretraživanje omogućuje dobivanje potpunih konformacijskih prostora molekula u manje koraka čime su omogućene pretrage na znatno višim razinama teorije

Sažetak (engleski)

Conformational analysis covers a wide area of research of molecular structures, and by calculating thermodynamic parameters, a description of the stability of the system and an explanation of its chemical properties can be obtained. Within this research, complete conformational spaces for selected sets of cyclic and acyclic molecules were examined through
a systematic search method using rigid scan and newly developed adaptive relaxed scan algorithm as well as dimensionality reduction method of molecular dynamics trajectories by the 2nd- and 3rd-order tensor decomposition. Molecular dynamics trajectories contain all steric information about the chemical structures of molecules in the system, but the difficulty is the
large number of structures that need to be sampled for a complete conformational analysis. The adaptive relaxed scan algorithm makes it possible to obtain complete conformational spaces in fewer steps, thus enabling searches at higher levels of theory.

• Ključne riječi: analiza glavnih komponenata; konformacijska analiza; molekularna dinamika; sustavno pretraživanje.
• Ključne riječi (engleski): conformational analysis; molecular dynamics; principal component analysis; systematic search methods
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:217542
• Datum promocije: 2022
• Projekt: Šifra: IP-2016-06-3775; Naziv: Aktivnošću i in silico usmjeren dizajn malih bioaktivnih molekula; Naziv: Activity and in silico guided design of bioactive small molecules; Kratica: ADESIRE; Voditelj: Tomica Hrenar; Pravna nadležnost: Hrvatska; Financijer: HRZZ; Linija financiranja: IP
• Studijski program: Naziv: Kemija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: poslijediplomski doktorski; Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija (dr. sc.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Opseg: 287 str. ; 30 cm
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2023-04-29
• Datum i vrijeme pohrane: 2022-05-04 12:31:00