BIOINFORMATIČKA ANALIZA UČINKA STANIČNE PARABIOZE I GENSKE EKSPRESIJE NA NASTANAK I METASTAZIRANJE TUMORA

doktorski rad

• Naslov (engleski): BIOINFORMATIC ANALYSIS OF INFLUENCE OF CELLULAR PARABIOSIS AND GENE EXPRESSION ON TUMORIGENESIS AND METASTASIS FORMATION
• Autor: Tinka Vidović
• Mentor: Miroslav Radman (mentor)
• Član povjerenstva: Rosa Karlić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Nada Oršolić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Petar Ozretić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2024-09-02, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija
• Univerzalna decimalna klasifikacija (UDC): 577 - Biokemija. Molekularna biologija. Biofizika

Sažetak

U ovom radu se istražio utjecaj stanične parabioze i genske ekspresije na specifičnost nastanka tumora. Pokazali smo da tkiva koja povećano izražavaju gene koje pripadaju kategorijama nedostatak IRAK4 te MET aktivira Rap1 i Rac1 su podložnija nastanku metastazi. Navedeni rezultat je u skladu s početnom hipotezom da se manipulacijom staničnom parabiozom mogu spriječiti maligni tumori budući da su Rho-GTPaze regulatori aktinskog citoskeleta i stanične migracije. Koristeći metodu ponderirane genske koekspresije pronađeni su ključni geni za nastanak tumora, koji su se usporedili s normalnom ekspresijom gena u svim tkivima. Cilj ove analize je bio vidjeti kako su ključni geni u tumorima izraženi u svim normalnim tkivima, budući da obrazac ekspresije gena u normalnom tkivu može biti uzrok specifičnosti metastaziranja. Također su pronađeni i diferencijalno eksprimirani (DE) geni između ranih i kasnih stadija, te se na temelju ekspresije DE gena postignuti odlični rezultati razlikovanja ranih i kasnih stadija tumora metodom potpornih vektora.

Sažetak (engleski)

In this work, the influence of cellular parabiosis and gene expression on the specificity of tumor formation was investigated. We showed that tissues that overexpressed genes belonging to the IRAK4 deficiency and MET activates Rap1 and Rac1 categories are more susceptible to metastases. This result is in accordance with the initial hypothesis that malignant tumors can be prevented by manipulation of cellular parabiosis since Rho-GTPases are regulators of the actin cytoskeleton and cell migration. Using the method of weighted gene co-expression, core genes for the formation of tumors were found, which were compared with normal gene expression in all tissues. The aim of this analysis was to see how core genes in tumors are expressed in all normal tissues, since the pattern of gene expression in normal tissue may be the cause of the specificity of metastasis. Differentially expressed (DE) genes between early and late stages were also found, and based on the expression of the DE gene, excellent results were achieved in distinguishing between early and late tumor stages by support vector machine method.

• Ključne riječi: maligni tumor; metastaze; organ-specifičnost; stanična parabioza; genska ekspresija
• Ključne riječi (engleski): cancer; metastasis; organ-specific; cellular parabiosis; gene expression
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:440716
• Datum promocije: 2024
• Studijski program: Naziv: Biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: doktorski studij; Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti u području prirodnih znanosti (dr. sc. natur.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2024-09-12 16:29:46