Molekularna epidemiologija i multigenska tipizacija bakterije ‘Candidatus Phytoplasma mali’ u Hrvatskoj

disertacija

• Naslov (engleski): Molecular epidemiology and multigene typing of ‘Candidatus Phytoplasma mali’ in Croatia
• Autor: Ivana Križanac
• Mentor: Martina Šeruga Musić (mentor)
• Član povjerenstva: Dijana Škorić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mirna Ćurković Perica (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Dušica Vujaklija (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; Zagreb
• Datum i država obrane: 2017, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija
• Univerzalna decimalna klasifikacija (UDC): 57 - Biološke znanosti. Fizička antropologija. Bioraznolikost

Sažetak

Fitoplazme ('Candidatus Phytoplasma') su unutarstanični, pleomorfni biljni patogeni iz razreda Mollicutes koji tijekom životnog ciklusa koloniziraju biljke i kukce - vektore. Proliferacija jabuke (Apple Proliferation, AP) jedna je od važnijih fitoplazmoza prisutnih u većini europskih zemalja. Uzrokuje ekonomske gubitke u proizvodnji i uzgoju jabuke. Ovim istraživanjem i multigenskom analizom sojeva uzročnika bolesti 'Ca. P. mali' (2011. – 2014. i 2016.)obuhvaćena su značajna područja uzgoja jabuke u Hrvatskoj. 'Ca. P. mali' detektirana je i identificirana metodama PCR i real-time PCR baziranim na umnažanju gena za 16S rRNA. Za karakterizaciju sojeva primijenjena je metoda multigenske tipizacije za koju su odabrana 4 ciljna gena različite razine konzerviranosti i evolucije: aceF, pnp, imp i secY. U odnosu na do sada iz literature poznate genotipove, za svaki od gena je redom identificirano tri, dva, sedam te pet novih genotipova. Najveća raznolikost genotipova prisutna je na malom području Međimurske županije. Na osnovi rezultata opisano je 20 alelnih profila od kojih je dominantan ST1 (A13-P10-S12-I21). Po prvi puta uopće tipizirani su i sojevi izolirani iz kukca – vektora vrste Cacopsylla picta te su ovim istraživanjem značajno prošireni dosadašnji rezultati multigenske tipizacije 'Ca. P. mali' u Europi. Stečena saznanja pridonose razumijevanju epidemiologije i temelj su za daljnja istraživanja te poboljšanje mjera kontrole i sprečavanja širenja bolesti u Hrvatskoj.

Sažetak (engleski)

Phytoplasmas ('Candidatus Phytoplasma') are intracellular pleomorphic plant pathogens belonging to the class Mollicutes. Their life cycle includes colonisation of both plant hosts and insect vectors. Apple proliferation (AP) is present in many European countries. It is one of the most important phytoplasmoses causing significant economic loses in apple production. Causal agent, 'Ca. P. mali', was identified in the scope of this survey (2011 – 2014 and 2016) using PCR and real-time PCR based on amplification of 16S rRNA gene. In multilocus sequence typing (MLST), variability of four selected genetic markers differing in level of conservation and evolution (aceF, pnp, imp and secY) was studied. In addition to previously described and published genotypes, new ones were discerned for each genetic marker: 3 for aceF, 2 for pnp, 7 for imp and 5 for secY gene. Overall, 20 different sequence types (ST) were revealed. Based on the current results, the core sequence type ST1 (A13-P10-S12-I21) can be proposed. This is the first extensive research and multigene typing performed on 'Ca. P. mali' isolates in Croatia, as well as the first typed isolate from an insect vector host, Cacopsylla picta. Obtained results revealed considerable genetic diversity of epidemiological relevance limited to only one part of the country, Međimurje region. Characterization represents a good starting point for improvement of measures for preventing and control of the disease and further research.

• Ključne riječi: AP; MLST; molekularni markeri; genska varijabilnost; alelni profil; ST
• Ključne riječi (engleski): apple proliferation; MLST; molecular markers; genotype; genetic variability; sequence type; ST
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:393944
• Studijski program: Naziv: Biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: poslijediplomski doktorski; Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje biologija (dr.sc.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Opseg: 117 str.
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-11-02 11:33:50