Identifikacija i kvantifikacija proteina djelomično neuređene tercijarne strukture (IDP) ekotipova uročnjaka (Arabidopsis thaliana L.) nakon izlaganja suši

diplomski rad

• Naslov (engleski): Quantification and identification of intrinsically disordered proteins (IDPs) in different ecotypes of Arabidopsis thaliana L. after exposure to drought
• Autor: Laura Bračun
• Mentor: Dubravko Pavoković (mentor)
• Član povjerenstva: Dubravko Pavoković (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mirta Tkalec (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Silvija Černi (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivana Šola (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2018-02-23, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Nedostatak vode jedan je od glavnih čimbenika okolišnog stresa, a s obzirom na klimatsku regiju, on može biti dugotrajan ili kratkotrajan i nasumičan. Sesilni organizmi poput biljaka morali su razviti posebne strategije kojima prebrođuju i preživljavaju sušna razdoblja. Neke od tih strategija variraju s obzirom na genotip. U sklopu ovog diplomskog rada, suši su izložena četiri ekotipa biljke Arabidopsis thaliana, porijeklom iz četiri različite klimatske regije. Razlike u toleranciji nedostatka vode ustanovljene su na razini proteoma. Uspoređivane su aktivnosti peroksidaze kao izravan pokazatelj jačine oksidativnog stresa, relativne koncentracije Hsp70 (engl. heat-shock protein) kao indikatora generalnog stresa, i relativne koncentracije proteina djelomično neuređene strukture (IDP) koji sudjeluju u integraciji signalnih puteva te stoga imaju bitnu ulogu u mnogim biljnim procesima, uključujući one koji odgovaraju na abiotički stres. Utvrđeno je povećanje aktivnosti peroksidaze i ekspresije Hsp70 u sušnim uvjetima u usporedbi s kontrolom. Uočena je i promjena ekspresije nekih IDP u uvjetima suše s obzirom na kontrolu. Također, spektrometrijom masa identificirano je 25 IDP, a potom je razina njihove neuređenosti određena bioinformatičkim alatima. Za 21 protein potvrđeno je da posjeduju barem jednu dugu neuređenu regiju.

Sažetak (engleski)

Water deficit is one of the crucial factors causing environmental stress and it can be, considering a particular climate region, either long-term or short-term and random. Sessile organisms like plants had to develop special strategies in order to overcome and survive periods of drought, some of which vary depending on the genotype. This thesis involves exposure to drought of four different ecotypes of Arabidopsis thaliana native to different climate regions and establishing their relative tolerance to water deficit on the level of proteome. We compared peroxidase activities as indicator of oxidative stress and relative concentrations of Hsp70 (heatshock protein) as indicator of general stress. We also determined relative concentrations of intrinsically disordered proteins (IDPs) as they are involved in integration of various signalling pathways and therefore take part in many plant processes in general, including abiotic stress responses. Compared to control, a rise was shown in both peroxidase activity and Hsp70 expression during drought conditions. Expression of some IDPs also changed after exposure to drought in comparison to control. Also, 25 IDPs were identified by mass spectrometry and their sequence structure disorder has been evaluated by bioinformatic tools. Twenty one of them were confirmed to have at least one long disordered region.

• Ključne riječi: neuređenost proteina; Hsp70; gvajakol peroksidaza; abiotski stres
• Ključne riječi (engleski): protein disorder; Hsp70; guaiacol peroxidase; abiotic stress
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:350906
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2020-02-23
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-03-15 13:05:22