Statistički aspekti pretraživanja proteoma

diplomski rad

• Autor: Iva Sorić
• Mentor: Pavle Goldstein (mentor)
• Član povjerenstva: Pavle Goldstein (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Boris Guljaš (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Nela Bosner (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Marko Vrdoljak (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Matematički odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2015-09-23, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Matematika

Sažetak

Opisan je razvoj skrivenog Markovljevog modela za traženje motiva karakterističnih za članove određene proteinske familije. Nakon analize “score”-ova dobivenih na simuliranim proteomima konstruirana je korekcija tako da korigirani “score”-ovi služe kao kriterij za identifikaciju nizova koji sadrže tražene motive. Metoda je primijenjena na četiri biljna proteoma s pozitivnim rezultatima.

Sažetak (engleski)

In this work we study one of the methods used for identifying proteins characterized by specific motifs. We have described a hidden Markov model designed for searching for motifs. After analyzing the scores obtained on simulated data, we have constructed a score correction that should yield a valid criterion for discriminating sequences with wanted motifs. In the end we apply this method to four plant proteomes with positive results.

• Ključne riječi: skriveni Markovljev model; traženje motiva karakterističnih za članove određene proteinske familije; biljni proteomi
• Ključne riječi (engleski): hidden Markov model; searching for motifs; plant proteomes
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:464736
• Studijski program: Naziv: Matematička statistika; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra matematike (mag. math.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-02-07 11:27:07