Lokalno poravnanje i prepoznavanje motiva

diplomski rad

• Autor: Silvija Vrbančić
• Mentor: Pavle Goldstein (mentor)
• Član povjerenstva: Pavle Goldstein (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Filip Najman (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Josip Tambača (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Eduard Marušić-Paloka (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Matematički odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2014-07-14, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Matematika

Sažetak

Primjenjujući PSSM algoritam na jedan protein dobivamo “score”-ove koji su gama distribuirani. Pokazano je da maksimumi nezavisnih gama distribuiranih slučajnih varijabli slijede Gumbelovu distribuciju. U slučaju kad su nizovi u proteomu jednake duljine, dobivamo Gumbelovu distribuciju, no kada su nejednake duljine dobivamo logističku. Uklanjanjem ovisnosti “score”-ova o duljini, logistički distribuirani “score”-ovi prelaze u Gumbel distribuirane.

Sažetak (engleski)

In this work, we show that sliding window algorithm yields gamma distributed scores (for a protein of sufficient length). We work through the theoretical background to show that the maxima of independent and identically distributed gamma random variables are Gumbel distributed. We then analyze the distribution of scores for sequences of unequal length, show that it follows logistic distribution, and construct the length-correction, that should yield Gumbel distributed scores.

• Ključne riječi: prepoznavanje motiva; PSSM algoritam; algoritam klizećeg prozora; proteini; gama distribucija; Gumbelova distribucija; logistička distribuciaj
• Ključne riječi (engleski): motif scanning method; PSSM algorithm; sliding window algorithm; protein; gamma distribution; Gumbel distribution; logistic distribution
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:898504
• Studijski program: Naziv: Matematička statistika; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra matematike (mag. math.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-02-19 15:52:43