Analiza povezanosti somatskih varijanti tumora s mutacijma i mutacijskim potpisima

diplomski rad

• Naslov (engleski): Association analysis of somatic tumor variants with mutations and mutational signatures
• Autor: Ingrid Tomljanović
• Mentor: Fran Supek (mentor)
• Mentor: Dubravko Pavoković (mentor)
• Član povjerenstva: Dubravko Pavoković (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Antun Alegro (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Marin Ježić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Biljana Balen (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-03-08, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Tijekom života pacijenta, genom stanice raka postupno nakuplja somatske mutacije uslijed
djelovanja raznih endogenih i egzogenih mutacijskih procesa. Genomske otiske ovih procesa
moguće je razlučiti iz podataka o somatskim mutacijama tumora te ih nazivamo mutacijskim
potpisima. Cilj ovog diplomskog rada bio je proučiti povezanost opsežnog skupa somatskih
mutacija koje pripadaju 721 odabranom genu sa 30 mutacijskih potpisa i zamjenskih varijabli
na 33 različita tipa raka. Dvostrano neparametarsko testiranje primijenjeno je na razini svih
tipova raka te pojedinih tipova raka u svrhu testiranja pojedinih ponavljajućih somatskih
mutacija te testiranja tereta mutacija u ponavljajuće mutiranim genima na osnovi podatkovnog
seta TCGA MC3 koji sadrži ~10,000 uzoraka. Analize su podijeljene po statusu
hipermutiranosti uzoraka te predviđenom dobroćudnom ili zloćudnom tipu mutacija. Rezultati
su u svrhu ispravka višestrukog testiranja hipoteza podvrgnuti metodi genomske kontrole te
Benjamini-Hochbergovoj metodi i filtrirani po apsolutnoj vrijednosti veličine učinka. Testiranjem
pojedinih mutacija otkrivene su 62 značajne poveznice, dok su testiranjem tereta mutacija
otkrivene 162 značajne poveznice na razini pojedinih tipova raka i svim podskupovima
podataka. Većina otkrivenih poveznica predstavljaju nova otkrića i moguće vrijedne ciljeve
budućih istraživanja mutacijskih procesa aktivnih u stanicama raka.

Sažetak (engleski)

Throughout the lifetime of a patient, the genome of a cancer cell gradually accumulates
somatic mutations due to a variety of endogenous and exogenous mutational processes. The
genomic fingerprints of those processes can be deconvoluted from tumor somatic mutation
data and are termed mutational signatures. The goal of this master thesis was to assess the
relationships of a comprehensive set of somatic mutations belonging to a list of 721 selected
genes with the 30 mutational signatures and their proxies across 33 different cancer types.
Two-sided nonparametric testing was employed on both pan-cancer and per-cancer type
levels to individually test recurrent somatic mutations and to perform burden testing of
recurrently mutated genes based on the TCGA MC3 dataset comprising ~10,000 samples.
Analyses were stratified by sample hypermutation status and predicted benign or pathogenic
mutation character. Results were submitted to genomic control and Benjamini-Hochberg
multiple testing correction procedures and filtered using absolute effect sizes. Individual
mutation testing identified 62 significant associations, while burden testing identified 162
significant associations on the per-cancer type level across data subsets. The majority of
identified associations were novel findings and constitute potentially valuable targets for future
research into the mutational processes operative in cancer cells.

• Ključne riječi: mutacijski potpisi; TCGA; somatske mutacije; pogonski geni; COSMIC; testiranje tereta; genomska kontrola
• Ključne riječi (engleski): mutational signatures; TCGA; somatic mutations; driver genes; COSMIC; burden testing; genomic control
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:440763
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2021-03-08
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-04-10 09:05:17