Identification and characterization of transposable elements in sponges (Porifera)

disertacija

• Naslov (engleski): Identifikacija i karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata u spužvama (Porifera)
• Autor: Maja Kuzman
• Mentor: Kristian Vlahoviček (mentor)
• Član povjerenstva: Helena Ćetković (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Rosa Karlić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2020-09-29, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija
• Univerzalna decimalna klasifikacija (UDC): 57 - Biološke znanosti. Fizička antropologija. Bioraznolikost

Sažetak

Transposable elements constitute a large portion of most eukaryotic genomes and play an important role in transcriptional regulation, shaping gene regulatory networks and genome evolution. Due to a lack of quality genome assemblies of non-model organisms, not much is known about the diversity, distribution and the role of transposable elements across Metazoa. In this thesis I present high quality genome assemblies for the sponge species Eunapius subterraneus and Suberites domuncula. I use computational genomics techniques to identify, characterize and compare transposable elements in the publicly available sponge genomes and in-house assembled genomes by analysing the abundance and conservation of the transposable elements in different sponge species. I assess the impact of transposable elements on the evolution of the host genomes by analysing their contribution to genome organization and correlation with gene expression. Finally, I present a catalog of the homologs of piRNA pathway in sponges and analyse their transcriptional activity.

Sažetak (engleski)

Prijenosni genetički elementi (transpozoni) sačinjavaju velik dio većine eukariotskih genoma i igraju važnu ulogu u regulaciji transkripcije, oblikovanju regulatornih mreža gena i evoluciji genoma. Zbog nedostatka kvalitetno sklopljenih genoma ne-modelnih organizama, ne zna se mnogo o raznolikosti, rasprostranjenosti i ulozi transpozona u skupini Metazoa. U ovom radu predstavljam visokokvalitetne sklopove genoma za vrste spužva Eunapius subterraneus i Suberites domuncula. Korištenjem tehnika računalne genomike identificiram, karakteriziram i uspoređujem pokretne elemente u javno dostupnim genomima spužvi i interno skupljenim genomima analizom brojnosti i očuvanja transpozona u različitim vrstama spužvi. Procjenjujem utjecaj transpozona na evoluciju genoma domaćina analizom njihovog doprinosa u organizaciji genoma i povezanosti s ekspresijom gena. Na kraju predstavljam katalog homologa piRNA puta u spužvama i analiziram njihovu transkripcijsku aktivnost.

• Ključne riječi: Transposons; genome assembly; porifera; computational genomics
• Ključne riječi (engleski): transpozoni; sklapanje genoma; spužve; računalna genomika
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:082440
• Datum promocije: 2020
• Studijski program: Naziv: Biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: poslijediplomski doktorski; Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje biologija (dr.sc.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2020-10-27 10:06:33