Genotipizacija rotavirusa A iz divljih životinja s područja Republike Hrvatske

diplomski rad

• Naslov (engleski): Genotyping of Rotavirus A from wild animals in Croatia
• Autor: Daniel Čolić
• Mentor: Dragan Brnić (mentor)
• Mentor: Silvija Černi (sumentor)
• Član povjerenstva: Silvija Černi (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Sofia Ana Blažević (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Rosa Karlić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Marin Ježić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2021-02-19, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Rotavirus A (RVA) je dvolančani RNA virus iz roda Rotavirus. Uzročnik je akutnog
gastroenteritisa kod sisavaca i ptica i karakterizira ga visoka prevalencija, patogenost i genska
raznolikost. Genom RVA sastoji se od 11 dvolančanih RNA segmenata. Sustav klasifikacije
RVA temelji se na genotipizaciji segmenata VP7 (genotip G) i VP4 (genotip P). Važno
svojstvo RVA je potencijal međuvrsnog prijenosa i zoonotski potencijal, koji je najčešće
vezan za pojavu preslagivanja segmenata genoma. Cilj ovog istraživanja bio je odrediti
genotipove RVA koji cirkuliraju u populacijama crvenih lisica (Vulpes vulpes), europskih
čagljeva (Canis aureus moreoticus), divljih svinja (Sus scrofa), galebova klaukavaca (Larus
michahellis) i riječnih galebova (Larus ridibundus) s područja Republike Hrvatske. Metodom
RT-PCR u stvarnom vremenu dokazana je prisutnost genoma RVA u 11% (58 od 523)
obrađenih uzoraka. Sekvencije su utvrđene sekvenciranjem metodom po Sangeru, a
genotipizacijom koja je uslijedila utvrđeno je ukupno sedam različitih genotipova G, pet
genotipova P, tri genotipa E i jedan genotip I. Rezultati genotipizacije ukazuju na iznimnu
raznolikost i heterogenost RVA kod divljih životinja s područja RH, a filogenetska analiza
pokazuje potencijal međuvrsnog prijenosa i potkrepljuje važnost daljnjih istraživanja RVA
kod divljih životinja.

Sažetak (engleski)

Rotavirus A is a double-stranded RNA virus from the genus Rotavirus. It causes acute
gastroenteritis in mammals and birds, and is characterized by high prevalence, pathogenicity
and genetic diversity. The genome of RVA consists of 11 double-stranded RNA segments.
The RVA classification system is based on the genotyping of segments VP7 (genotype G) and
VP4 (genotype P). An important feature of RVA is the potential of interspecies transmission
and zoonotic potential, which is most often associated with the occurrence of genetic
reassortment. This study aimed to determine genotypes of RVAs circulating in populations of
red foxes (Vulpes vulpes), European jackals (Canis aureus moreoticus), wild boars (Sus
scrofa), yellow-legged gulls (Larus michahellis) and black-headed gulls (Larus ridibundus) in
Croatia. The presence of RVA genome in 11% (58/523) of analyzed samples was proved by
real-time RT-PCR. Sequences were obtained by Sanger sequencing, and subsequent
genotyping detected seven different genotypes G, five genotypes P, three genotypes E and one
genotype I. The results indicate exceptional diversity and heterogeneity of RVA from wild
animals in Croatia, and phylogenetic analysis demonstrates the potential for interspecies
transmission and supports the importance of further research on RVA in wildlife.

• Ključne riječi: rotavirus A; genotipovi; molekularna filogenija; međuvrsni prijenos
• Ključne riječi (engleski): Rotavirus A; genotype; molecular phylogenetics; interspecies transmission
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:900539
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2021-09-19
• Datum i vrijeme pohrane: 2021-03-02 11:40:13