Ekspresija domene SprT proteina ACRC i analiza vezanja ACRC i DNA in vitro

diplomski rad

• Naslov (engleski): Expression of ACRC SprT domain and ACRC:DNA binding analysis in vitro
• Autor: Josipa Valičević
• Mentor: Nives Ivić (mentor)
• Član povjerenstva: Dubravka Matković-Čalogović (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Jasmina Rokov Plavec (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Đani Škalamera (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Marko Močibob (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Kemijski odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2021-09-29, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija

Sažetak

Unakrsna veza DNA-protein (engl. DNA-protein crosslink, DPC) specifičan je tip oštećenja
molekule DNA koji nastaje kao posljedica ireverzibilne kovalentne veze proteina i DNA. S
obzirom na važnost genetičke informacije pohranjene u DNA, oštećenja kao što su DPC
rezultirala bi gubitkom integriteta molekule DNA. Proučavanjem metaloproteaza, Wss1 i
SPRTN, otkriveno je da sadrže domenu SprT koja sudjeluje u popravku DPC-a. Nedavno je
otkriveno da protein ACRC (engl. Acidic containing-repeat protein, ACRC) također ima
očuvanu domenu SprT, što daje zaključiti da je uključen u popravak spomenutog oštećenja.
Kako bi se strukturno i biokemijski okarakterizirala domena SprT proteina ACRC dizajnizani
su konstrukti domene različitih duljina. Konstrukti su klonirani, testirana je njihova
nadekspresija u bakteriji Escherichia coli i njihova topljivost. U želji za razumijevanjem
uloge ACRC-a u popravku DPC-a pročišćeni su humani proteini ACRC i njegov katalitički
mutant E593A, te je ispitano njihovo vezanje na različite molekule DNA (dvolančanu,
jednolančanu i u obliku rašlji), a od sva tri tipa najbolje je vezanje na DNA u obliku rašlji.

Sažetak (engleski)

DNA-protein crosslink (DPC) is a specific type of DNA damage that occurs as a result of the
formation of an irreversible covalent bond between DNA and protein. Given the importance
of genetic information stored in DNA, damage such as DPC would result in losing DNA
integrity. Previously, metalloproteases Wss1 and SPRTN were found to contain the SprT
domain involved in DPC repair. Recently, it has been discovered that ACRC (Acidic
containing-repeat protein) protein also has the preserved SprT domain, which suggests its
involvement in DPC repair. In order to structurally and biochemically characterize the SprT
domain of the ACRC protein, domain constructs of different lengths were designed. The
constructs were cloned, their overexpression in Escherichia coli and their solubility were
tested. In order to understand the role of ACRC in DPC repair, human ACRC protein and its
catalytic mutant E593A were purified and their binding to different DNA molecules (doublestranded, forked and single-stranded) were examined. Of all three types, binding to the fork
type of DNA molecule was the best.

• Ključne riječi: :ACRC; izolacija proteina; unakrsna veza DNA-protein; vezanje i popravak DNA
• Ključne riječi (engleski): ACRC; DNA binding and repair; DNA-protein crosslink; protein isolation
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:485031
• Projekt: Šifra: IPS-2020-01-4225; Naziv: Strukturna karakterizacija faktora uključenih u popravak unakrsnog vezanja DNA-protein; Voditelj: Marta Popović; Pravna nadležnost: Hrvatska; Financijer: HRZZ; Linija financiranja: IPS
• Studijski program: Naziv: Kemija; smjerovi: istraživački; Smjer: istraživački; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2023-09-29
• Datum i vrijeme pohrane: 2021-10-26 13:37:12