Usporedba metoda genotipizacije glavnog sustava tkivne podudarnosti u genomu s dupliciranim lokusom

diplomski rad

• Naslov (engleski): Comparison of MHC genotyping methods in the genome with duplicated locus
• Autor: Jelena Martinčić
• Mentor: Ana Galov (mentor)
• Član povjerenstva: Ana Galov (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Antun Alegro (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Jasna Lajtner (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Sofia Ana Blažević (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2021-11-26, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Geni glavnog sustava tkivne podudarnosti (eng. major histocompatibility complex, MHC) kodiraju
MHC molekule sustava I i II čija je funkcija predočavanje antigena pri pokretanju adaptivnog
imunosnog odgovora. Tijekom evolucije kod MHC gena događa se duplikacija lokusa koja
povećava varijabilnost, a time i sposobnost obrane organizma. Duplikaciju lokusa karakterizira
pojava više od dva alela po jedinci, koji se tijekom genotipizacije koamplificiraju s određenim
parom početnica. Determinacija alela se, stoga, uz metodu Sangerovog sekvenciranja upotpunjuje
metodom molekularnog kloniranja ili se genotipizacija temelji na metodama sekvenciranja nove
generacije (eng. next generation sequencing, NGS). U ovom diplomskom radu usporedila sam tri
metode genotipizacije MHC sustava na primjeru nemodelnog kralježnjaka obični jelen Cervus
elaphus (Linnaeus, 1758). Genotipizirala sam egzon 2 DRB lokusa MHC sustava II u 10 uzoraka
vrste obični jelen te dobivene razultate analizirala u računalnim programima Bioedit, Seqscape te
računalnom paketu AmpliSAT. Kao najoptimalnija pokazala se metoda sekvenciranja zasnovana
na sintezi (Illumina) kojom je identificirano najviše alela, njih 19. Sa sve tri metode identificiran
je ukupno 21 alel, od čega 9 nije do sada bilo otkriveno.

Sažetak (engleski)

The genes of the major histocompatibility complex (MHC) encode MHC class I and II receptors
whose function is to present the antigen when triggering an adaptive immune response. During the
evolution of the MHC genes, duplication of loci takes place, which increases the variability and
thus the ability of the organism to defend itself. Duplication of loci is characterized by the
appearance of more than two alleles per individual, which during genotyping co-amplify with a
particular pair of primers. Along with the method of Sanger sequencing supplemented by the
molecular cloning method, genotyping is based on next generation sequencing (NGS) methods. In
this thesis, I compared three methods of genotyping the MHC system on the example of the nonmodel vertebrate red deer, Cervus elaphus (Linnaeus, 1758). I genotyped exon 2 of the DRB locus
of the MHC system II in 10 samples of the red deer species and analyzed the obtained results in
the computer programs Bioedit, Seqscape and the computer package AmpliSAT. The sequencing
by synthesis (Illumina) NGS method, which identified the most alleles (19) proved to be the most
optimal. A total of 21 alleles were identified with all three methods, of which 9 have not been
detected so far.

• Ključne riječi: obični jelen; multiplikacija; koamplifikacija; DRB lokus; NGS; Sangerovo sekvenciranje; AmpliSAT
• Ključne riječi (engleski): red deer; multiplication; coamplification; DRB locus; NGS; Sanger sequencing; AmpliSAT
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:827073
• Studijski program: Naziv: Eksperimentalna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra eksperimentalne biologije (mag. biol. exp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2022-11-26
• Datum i vrijeme pohrane: 2021-12-02 11:59:28