Preliminarna analiza cDNA biblioteke endemične špiljske spužve Eunapius subterraneus

diplomski rad

• Naslov (engleski): Preliminary analysis of the cDNA library from endemic cave sponge Eunapius subterraneus
• Autor: Martina Marić
• Mentor: Helena Ćetković (mentor)
• Mentor: Mirjana Kalafatić (mentor)
• Član povjerenstva: Helena Ćetković (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivana Ivančić Baće (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Sven Jelaska (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Damjan Franjević (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2011-09-16, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Spužve (Porifera) su najjednostavnije životinje koje su se prve odvojile od zajedničkog razvojnog stabla Metazoa. Prve sustavne studije gena i genoma spužava pokazale su da spužve imaju kompleksan genom koji je postojao već kod zajedničkog pretka svih životinja (Urmetazoa). Molekularno-genetička karakterizacija i rekonstrukcija filogenije endemične špiljske spužve Eunapius subterraneus isključuju pripadnost ove spužve rodu Eunapius, te ukazuju na postojanje bitne nepodudarnosti klasične taksonomije spužava s onom dobivenom molekularno-genetičkim metodama. Nasumičnim sekvenciranjem cDNA (eng. complementary DNA) biblioteke spužve E. subterraneus stvorena je preliminarna baza EST-ova (eng. expressed sequence tags). Korištenjem niza bioinformatičkih alata EST-ovi su analizirani s ciljem produbljivanja spoznaja o značajkama gena i proteina spužava usporedbom s genima/proteinima drugih organizama. Potvrđena je hipoteza da je složenost genoma svojstvo koje je bilo prisutno već kod zajedničkog pretka svih životinja i da postoji iznenađujuće velika sličnost između proteina spužve i čovjeka. Pretragom cDNA biblioteke izdvojena je kompletna cDNA koja kodira za selenoprotein W. Analiza primarne strukture pokazala je veliku sačuvanost kodirajuće regije i SECIS motiva u nekodirajućoj regiji.

Sažetak (engleski)

Sponges (Porifera) are the simplest representatives of the animal kingdom which have separated first from other Metazoa. First systematic genomic studies of sponges have shown that they possess a highly complex genome which has already existed at the common ancestor of all multicellular animals (Urmetazoa). Molecular-genetic characterization, as well as reconstruction of the endemic stygobitic sponge Eunapius subterraneus phylogeny, exclude this sponge from genus Eunapius and indicate the existence of a relevant inconsistency of the classic sponge taxonomy with the one obtained by molecular-genetic methods. Random sequencing of the cDNA (complementary DNA) library of the E. subterraneus has created a preliminary EST library (expressed sequence tags), which was then analyzed by bioinformatics tools. This analysis has allowed further investigation of sponge genes and proteins in comparison with genes and proteins from other organisms. These results have confirmed the hypothesis in which the common ancestor of all Metazoa had already had unusually complex genome, as well as that there is a surprisingly high similarity between sponge and human proteins. A complete cDNA coding for a selenoprotein W was obtained from the cDNA library. Primary structure analysis showed highly conserved coding regions and SECIS motifs in noncoding region.

• Ključne riječi: Eunapius subterraneus; spužva; selenoprotein W; evolucija
• Ključne riječi (engleski): Eunapius subterraneus; endemic sponge; selenoprotein W; evolution
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:775979
• Studijski program: Naziv: Ekologija i zaštita prirode; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra ekologije i zaštite prirode (mag. oecol. et prot. nat.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-05-03 09:22:09