Određivanje prisutnosti mutacije V600E gena BRAF u sporadičnim tumorima debelog crijeva metodom detekcije heterodupleksa DNA (HRM)

diplomski rad

• Naslov (engleski): High resolution melting (HRM) analysis of BRAF V600E mutation in sporadic colon cancer
• Autor: Sandra Bulat Lokas
• Mentor: Tamara Čačev (mentor)
• Član povjerenstva: Maja Matulić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Tamara Čačev (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mirjana Kalafatić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Domagoj Đikić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2010-11-19, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Karcinom debelog crijeva nastaje kao rezultat kontinuirane promjene epitelnih stanica debelog crijeva zbog nakupljanja mutacija u nizu onkogena i tumor supresorskih gena. Danas je poznato da je u približno 50 % tumora debelog crijeva prisutan poremećaj signalnog puta MAPK. Iako su mutacije gena koji sudjeluju u ovom signalnom putu poznate već dugi niz godina, važnost njihove detekcije ponovno se aktualizirala razvojem personalizirane medicine i modernih ciljanih antitumorskih lijekova. Konvencionalne metode detekcije mutacija podložne su generiranju lažno pozitivnih ili negativnih rezultata. Stoga se u novije vrijeme kao metoda izbora za detekciju mutacija koristi metoda fluorescentne detekcije heterodupleksa DNA (HRM). U ovom radu metoda HRM uvedena je za detekciju najčešće mutacije gena BRAF, mutacije V600E, u uzorcima sporadičnog karcinoma debelog crijeva. Od ukupno 120 analiziranih uzoraka sporadičnog karcinoma debelog crijeva, 6 uzoraka (5 %) je u analizi metodom HRM pokazalo aberantni profil krivulje mekšanja. Metodom sekvencioniranja je u svih 6 analiziranih uzoraka dokazana prisutnost mutacije V600E. Metoda HRM se pokazala kao jednostavnija i brža alternativa konvencionalnim metodama analize mutacija te se može koristiti i za molekularno profiliranje drugih tipova tumora u kojima mutacija gena BRAF igra značajnu ulogu.

Sažetak (engleski)

Colorectal cancer arises as a consequence of continuous mutation accumulation in a number of oncogenes and tumor suppressor genes. Approximately 50 % of colorectal tumors have an aberrant MAPK signalling. Although mutations of genes involved in MAPK signalling pathway are known for some time, their importance has recently been brought to scientific attention as a consequence of break-troughs in personalized medicine and modern antitumor therapy. Conventional methods of mutation detection are prone to generating false positive or negative results, therefore, in recent years a method of choice for mutation screening is the high resolution melting fluorescent detection of heteroduplexes (HRM). In this study HRM method was introduced in order to detect the most common BRAF gene mutation, V600E in sporadic colon cancer tumors. A total of 120 tumor samples were analyzed and in 6 (5 %) BRAF V600E mutation was detected and confirmed by DNA sequencing. Finally, HRM method has proved itself to be the simplest and faster alternative to conventional methods of mutation detection and can be used for molecular profiling of other tumors where BRAF mutations have an important role.

• Ključne riječi: BRAF; HRM; signalni put MAPK; krivulja mekšanja
• Ključne riječi (engleski): BRAF; HRM; MAPK signalling pathway; melting curve
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:401445
• Studijski program: Naziv: Eksperimentalna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra eksperimentalne biologije (mag. biol. exp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-05-03 12:13:21