Reevaluacija genetičkih nalaza dobivenih kromosomskim čipovima kod bolesnika s neurorazvojnim poremećajima

diplomski rad

• Naslov (engleski): Reevaluation of genetic findings obtained by chromosomal chips for patients with neurodevelopmental disorders
• Autor: Ana-Marija Bogner
• Mentor: Martina Rinčić (mentor)
• Mentor: Petra Korać (komentor)
• Član povjerenstva: Petra Korać (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Inga Urlić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Maja Matulić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Biljana Balen (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2023-09-25, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Genetički testovi u širokoj su upotrebi već dugi niz godina, ali uvođenjem genetičkih testova
visoke rezolucije nastala je prekretnica u medicinskoj genetici. Za ispitanike s neurorazvojnim
poremećajima najčešće korišteni genetički test u proteklom desetljeću je analiza kromosoma na
mikročipovima. Iako nam danas genetički testovi visoke rezolucije omogućavaju otkrivanje vrlo
malih promjena u ljudskom genomu, određivanje patogenosti detektiranih varijanti ostaje izazov
u donošenju dijagnostičkih odluka. Novim spoznajama dolazi do promjena u razumijevanja
ljudskog genoma zbog čega je interpretacija genetičkih nalaza podložna promjeni tijekom
vremena. Ovim radom detektirane su promjene u interpretaciji genetičkih nalaza dobivenih
kromosomskim mikročipovima kod ispitanika s neurorazvojnim poremećajima uzimajući u obzir
nove znanstvene spoznaje. Reevaluirani su rezultati inicijalno klasificirani kao varijante nesigurne
važnosti koristeći javno dostupne baze podataka. Optimiziran je hodogram reevaluacije podataka
i dobivena lista 29 potencijalnih kandidata gena koji su od kliničke važnosti za razvoj
neurorazvojnih poremećaja. Istraženi su biološki putevi u koje su geni-kandidati uključeni te je
zabilježena jedna lncRNA povišene razine ekspresije u mozgu. Ponovnom analizom podataka
uspostavljena je dosad nepoznata veza između detektiranih promjena u broju kopija DNA i
fenotipa na osnovi novih znanstvenih saznanja o ljudskom genomu.

Sažetak (engleski)

Genetic testing has been widely used for many years, but introducing high-resolution genetic
methods made a turning point in medical genetics. For patients with neurodevelopmental
disorders, the most commonly used genetic test in the past decade has been chromosomal
microarray analysis. Although today's high-resolution genetic tests detect very small changes in
the human genome, determining the pathogenicity of detected variants remains challenging in
diagnostic decision-making. Accumulating information and a better understanding of the human
genome resulted in the interpretation of genetic findings being subject to change over time.
Considering new scientific knowledge, this work detected changes in the interpretation of genetic
findings obtained by chromosomal microarray in subjects with neurodevelopmental disorders. The
results initially classified as of uncertain significance have been re-evaluated using publicly
available databases. A workflow was optimized, and a list of 29 potential candidate genes
clinically relevant for neurodevelopmental disorders was obtained. The biological pathways in
which the candidates are involved have been investigated, and one lncRNA has been recorded with
elevated expression in the brain. Reanalysis of the data has established a previously unknown link
between the detected changes in DNA copy number and the phenotype based on new scientific
knowledge about the human genome.

• Ključne riječi: promjene broja kopija; CNV; CMA; NDD
• Ključne riječi (engleski): copy number variant; CNV; NDD; CMA
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:218150
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-10-16 10:11:24