GENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE

doktorski rad

• Naslov (engleski): GENOMICS AND PECULIARITIES OF THE REPETITIVE DNAs OF THE OYSTERS IN THE FAMILY OF OSTREIDAE
• Autor: Monika Tunjić Cvitanić
• Mentor: Miroslav Plohl (mentor)
• Mentor: Eva Šatović Vukšić (komentor)
• Član povjerenstva: Višnja Besendorfer (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Đurđica Ugarković (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Petra Korać (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2024, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija
• Univerzalna decimalna klasifikacija (UDC): 577 - Biokemija. Molekularna biologija. Biofizika

Sažetak

Ponavljajuća DNA u mnogim organizmima čini velik, ali neistražen dio genoma. Za vrstu
Crassostrea gigas bioinformatički je utvrđeno da repeatom dominantno grade satDNA i PGE, a
najbrojnija satDNA je Cg170. Bioinformatički su utvrđeni satelitomi srodnih vrsta kamenica C.
gigas, Crassostrea angulata, Crassostrea virginica i Ostrea edulis. U sklopu centromere C.
gigas najbrojnije DNA su transpozoni i satDNA, a u heterokromatinu najbrojniji su DNA
transpozoni. Više od 75 % satelitoma te vrste pokazalo je sličnost s elementima Helitron.
Analizom postranih regija monomera ili nizova satDNA utvrđeno je da se samo jedna satDNA
nalazi isključivo u sklopu elementa Helitron, dvjema je većina monomera/nizova monomera
samostalna, a osam satDNA u podjednakim je omjerima prisutno samostalno i u sklopu
elementa. Niz satDNA zajednički je svim ispitanim vrstama, a C. gigas i C. angulata dijele
najveći broj zajedničkih satDNA. U C. gigas nije otkriveno tipično nakupljanje satDNA na
određenim kromosomskim pozicijama, čime je u ovoj vrsti ustanovljen novi (visokoraspršeni)
obrazac organizacije satDNA na razini genoma.

Sažetak (engleski)

Repetitive DNA constitutes big, but still uninvestigated genome part. For the oyster Crassostrea
gigas it was bioinformatically determined that the repeatome is mainly constituted of satDNAs
and mobile elements, and the most abundant satDNA is Cg170. The satellitomes of four closely
related species, C. gigas, Crassostrea angulata, Crassostrea virginica and Ostrea edulis, were
bioinformatically determined. The most abundant sequences in the centromere of C. gigas are
DNA transposons and satDNAs, while in heterochromatin the most abundant are DNA
transposons. More than 75% of satellitome of this species showed similarity to Helitrons.
Analysis of conserved boxes adjacent to monomers or tandem repeats of satDNAs showed that
only one satDNA exists integrated into Helitrons, two have majority of their monomers/tandem
repeats as standalone organizational form, and eight satDNAs have equally present
monomers/tandem repeats in both forms. All analyzed species have several satDNAs in
common, but C. gigas and C. angulata share the highest number of common satDNAs. SatDNAs
in C. gigas did not show typical clustering at certain chromosomal positions but new
organizational pattern: highly scattered across the genome.

• Ključne riječi: školjkaši; satelitom; repeatom; centromere; heterokromatin
• Ključne riječi (engleski): bivalves; satellitome; repeatome; centromere; heterochromatin
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:270005
• Datum promocije: 2024
• Projekt: Šifra: IP-2014-09-3183; Naziv: Centromerna genomika beskralježnjaka; Naziv: Invertebrate centromere genomics; Kratica: CENGEN; Voditelj: Miroslav Plohl; Pravna nadležnost: Hrvatska; Financijer: HRZZ; Linija financiranja: IP
• Projekt: Šifra: IP-2019-04-5522; Naziv: Rasvjetljavanje evolucije satelitnih DNA visokoprotočnim analizama satelitoma srodnih vrsta; Naziv: Satellite DNA evolution illuminated by high-throughput satellitome analyses of related species; Kratica: EvoSat; Voditelj: Brankica Mravinac; Pravna nadležnost: Hrvatska; Financijer: HRZZ; Linija financiranja: IP
• Studijski program: Naziv: Biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: doktorski studij; Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti u području prirodnih znanosti (dr. sc. natur.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2024-04-02 09:53:00