Upotrebljivost gena za ribosomsku RNA i gena koji kodiraju proteine u rekonstrukciji filogenetskih odnosa unutar porodice Elmidae (Coleoptera)

diplomski rad

• Naslov (engleski): Phylogenetic utility of ribosomal and protein-coding genes for reconstructing the phylogeny of Elmidae (Coleoptera)
• Autor: Tin Tomaš
• Mentor: Branka Bruvo Mađarić (mentor)
• Član povjerenstva: Marko Močibob (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Iva Juranović Cindrić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Tomica Hrenar (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivan Kodrin (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Kemijski odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2017-09-28, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija

Sažetak

Elmidae (Coleoptera) je porodica vodenih kornjaša koji se često koriste kao bioindikatori u
tekućicama, no filogenetski odnosi unutar porodice su dosada slabo istraženi. U ovom radu
analizirana je upotrebljivost gena za ribosomsku RNA i odabranih gena koji kodiraju proteine
za pouzdanu rekonstrukciju filogenetskih odnosa vrsta, rodova i podporodica unutar porodice
Elmidae. Filogenetske analize pokazale su da su geni za COI i 12S rRNA vrlo varijabilni, a
gen za 18S rRNA je izuzetno konzerviran te ovi markeri ne daju pouzdane rezultate.
Nuklearni geni za 28S rRNA, CAD i Arg daju bolje razlučivanje i podršku za topologiju.
Kombiniranjem većeg broja markera postignuti su znatno bolji rezultati, posebice
kombinacijom nuklearnih gena. U većini analiza podporodice Elminae i Larainae su
međusobno parafiletske, te ovo istraživanje upućuje na potrebu revizije taksonomskog statusa
skupina unutar porodice Elmidae.

Sažetak (engleski)

Elmidae (Coleoptera) is a family of water beetles which are often used as bioindicators
in running waters. The phylogenetic relationships within the family are not very well studied.
In this study we analysed the usefulness of ribosomal RNA coding genes and protein coding
genes in the reconstruction of phylogenetic relationships within Elmidae. Phylogenetic
analyses of COI and 12S rRNA genes have shown that these genes have to much variability,
while the gene for 18S rRNA is too conserved to give reliable results. Nuclear genes for 28S
rRNA, CAD and ArgK give substantially better results. The best results were obtained by
combinig different genes, especially nuclear genes. In most analyses subfamilies Elminae and
Larainae are shown to be paraphyletic. This study shows the need for revising the taxonomic
status of taxa within the family Elmidae.

• Ključne riječi: Elmidae; Coleoptera; molekularna filogenetika; molekularni markeri
• Ključne riječi (engleski): Elmidae; Coleoptera; molecular phylogenetics; molecular markers
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:268994
• Studijski program: Naziv: Kemija; smjerovi: istraživački; Smjer: istraživački; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-10-23 14:14:22