Biokemijska karakterizacija interakcije proteina IqgC i male GTPaze RASG iz amebe Dictyostelium discoideum

diplomski rad

• Naslov (engleski): Biochemical characterization of the interaction between Dictyostelium IQGAP-related protein IqgC and small GTPase RasG
• Autor: Lucija Mijanović
• Mentor: Vedrana Filić Mileta (mentor)
• Mentor: Ivana Ivančić Baće (mentor)
• Član povjerenstva: Ivana Ivančić Baće (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Jasna Hrenović (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Damjan Franjević (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Biljana Balen (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2018-02-23, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Proteini IQGAP u pravilu ne vežu proteine Ras i ne posjeduju sposobnost poticanja GTPazne akivnosti malih GTPaza Ras (aktivnost RasGAP). Međutim preliminarni rezultati karakterizacije Dictyostelium proteina IqgC, koji je srodan proteinima IQGAP sisavaca, sugerirali su aktivnost RasGAP ovog proteina prema Dictyostelium GTPazi RasG. Cilj ovog rada bio je biokemijskim metodama demonstrirati interakciju proteina IqgC i RasG te ispitati posjeduje li IqgC aktivnost GAP prema GTPazi RasG. Interakcija je potvrđena metodama pull-down, ko-imunoprecipitacija i bimolekularna komplementacija fluorescencije, nakon čega je napravljen test aktivacije proteina RasG koji je sugerirao aktivnost GAP. Konačna potvrda da IqgC ima aktivnost RasGAP dobivena je testom GAP s pročišćenim proteinima in vitro. U testu su korišteni ljudska GTPaza H-Ras i Dictyostelium GTPaza RasG te je pokazano da IqgC potiče, inače slabu intrinzičnu, hidrolizu GTP-a obaju GTPaza. Ovi eksperimenti nedvosmisleno pokazuju da je IqgC netipičan srodnik proteina IQGAP, koji za razliku od druga dva predstavnika u organizmu D. discoideum, DGAP1 i GAPA, kao i ostalih pripadnika ove obitelji u viših eukariota, jer osim što veže Ras stimulira i njegovu GTPaznu aktivnost time ga deaktivirajući u stanici.

Sažetak (engleski)

IQGAP proteins generally do not interact with small GTPases from the Ras family nor stimulate their GTPase activity as do RasGAPs (Ras GTPase activating proteins). However, preliminary characterization of Dictyostelium IQGAP-related protein IqgC suggested it could have GAP activity toward the Dictyostelium GTPase RasG. The aim of this study was to biochemically validate the interaction between IqgC and RasG and to test whether IqgC exerts GAP activity toward the RasG GTPase. Pull down, co-immunoprecipitation and bimolecular fluorescence complementation were methods used to confirm the interaction, followed by Ras activation assay which indicated that IqgC has GAP activity. Finally, in vitro GAP assay, in which purified human GTPase H-Ras and Dictyostelium GTPase RasG were tested, showed that IqgC accelerates otherwise weak intrinsic GTP hidrolysis of both H-Ras and RasG. These experiments unequivocally demonstrate that this atypical IQGAP-related protein is a genuine RasGAP. In contrast to the other two Dyctiostelium IQGAPs, DGAP1 and GAPA, as well as other IQGAPs, IqgC not only binds Ras but also stimulates its GTPase activity thus deactivating Ras in the cell.

• Ključne riječi: Dictyostelium; IqgC; IQGAP; RasGAP; Ras; GTPase
• Ključne riječi (engleski): Dictyostelium; IqgC; IQGAP; RasGAP; Ras; GTPase
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:585696
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2019-02-23
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-03-16 09:24:13