Usporedba 1D i 3D poravnanja proteina

završni rad

• Naslov (engleski): Comparison of 1D and 3D protein alignment
• Autor: Maja Zagorščak
• Mentor: Pavle Goldstein (mentor)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2009, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

U ovom radu bavimo se usporedbom strukturalnog poravnanja (3D) i poravnanja nizova (1D). Poznato je kako proteinske strukture evoluiraju mnogo sporije nego nizovi, stoga pronalazak “pravog” (strukturalnog) poravnanja iz primarne strukture postaje teže kada se bavimo udaljenim homolozima. Pokazano je kako Miyazawin algoritam1D poravnanje provodi točnije nego standardne metode poput Needleman-Wunsch, Smith-Waterman ili BLAST algoritma.

Sažetak (engleski)

This work is concerned with a comparison between structural and sequence alignment. It is well known that protein structures evolve more slowly than sequences, so detecting the “right” (i.e. structural) alignment from the sequence information only becomes increasingly difficult when dealing with distant homologues. It is shown that Miyazaw’s algorithm for sequence alignment performs this task more accurately than standard methods, such as Needleman-Wunsch, Smith-Waterman or BLAST.

• Ključne riječi: 1D; 3D; poravnanje nizova proteina
• Ključne riječi (engleski): 1D; 3D; sequence alignment
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:688621
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) molekularne biologije (univ. bacc. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-03-20 13:01:12