Karakterizacija proteinskih kompleksa proteina SSB

diplomski rad

• Naslov (engleski): Characterisation of SSB protein complexes
• Autor: Anja Kostelac
• Mentor: Dušica Vujaklija (mentor)
• Mentor: Ivana Ivančić Baće (mentor)
• Član povjerenstva: Ivana Ivančić Baće (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Sunčica Bosak (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ana Previšić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Zlatko Liber (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-02-18, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Streptomiceti predstavljaju najbrojniji rod unutar koljena Actinobacteria. Bakterija Streptomyces coelicolor A3(2) je modelni organizam za proučavanje procesa stanične diferencijacije i proizvodnje antibiotika kod bakterija. Genom ove bakterije ima dva gene, ssbA i ssbB za proteine koji vežu jednolančanu molekulu DNA (SSB), a sudjeluju u različitim procesima metabolizma DNA. Također ima i dva gena, hupA i hupS, koji kodiraju za proteine HU. Ovi proteini su združeni s nukleoidom i važni su za očuvanje strukture i integriteta DNA unutar stanice. Protein HU je potencijalni proteinski partner proteina SsbA. U ovom je radu, proteini SsbA i HupS prekomjerno su eksprimirani u heterolognom domaćinu, bakteriji Escherichia coli u svrhu pročišćavanja veće količina proteina. Za potrebe ispitivanja kompleksa SSB:HU ispitane su interakcije protein-DNA proteina SsbA i SsbB s jednolančanom DNA. Rezultati su pokazali da protein SsbB ima prosječno dva puta veći afinitet prema jlDNA nego protein SsbA, te da nastajanje kompleksa SsbB:jlDNA ne ovisi značajnije o prisutnosti soli u odnosu na kompleks SsbA:jlDNA. Pokazano je da je nastajanje kompleksa SsbA:HU spontana reakcija s visokom konstantom disocijacije i da je vođena hidrofobnim interakcijama. Interakcija između proteina SsbA i HU se ostvaruje bez prisustva jlDNA, dok se konformacijska promjena uočava samo na proteinu HU.

Sažetak (engleski)

Streptomyes are the largest genus of Actinobacteria. Streptomyces coelicolor A3(2) is a model organism for the study of bacterial differentiation and antibiotic production. This bacterium has two genes, ssbA and ssbB, encoding single-stranded DNA binding proteins (SSBs) which participate in various processes of DNA metabolism. It also possesses two genes, hupA and hupS, encoding nucleoid-associated HU proteins which are involved in maintaining DNA integrity in the cell. In previous study we identified HU protein as a potential SSB protein partner. In this study, SsbA and HupS proteins were overexpressed in heteroulogous host, Escherichia coli and a large amount of proteins was purified for further analyses. In order to characterise complex SsbA:HU, protein-DNA interactions were analysed between proteins SsbA and SsbB and single-stranded DNA (ssDNA). The results showed protein SsbB has two-fold increased affinity with ssDNA compared to protein SsbA and that formation of SsbB:ssDNA is less salt dependent compared to SsbA:ssDNA. This study showed that formation of SsbA:HU complex is a spontaneous reaction with high dissociation constant, which is driven by hydrophobic interactions. Protein-protein interactions between SsbA and HU are formed without the presence of ssDNA, whereas conformational changes were observed only for HU protein.

• Ključne riječi: Streptomyces coelicolor; protein SSB; protein HU; jednolančana DNA; interakcije
• Ključne riječi (engleski): Streptomyces coelicolor; SSB protein; HU protein; single-stranded DNA; interactions
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:603412
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2021-02-18
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-04-02 08:28:21