Molekularna filogenija i populacijska genetika bodorki (rod Rutilus; Actinopteri) u Hrvatskoj

diplomski rad

• Naslov (engleski): Molecular phylogeny and population genetics of roaches (genus Rutilus, Actinopteri) in Croatia
• Autor: Dora Žigrović
• Mentor: Ivana Buj (mentor)
• Član povjerenstva: Ivana Buj (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivan Radosavljević (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Duje Lisičić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Zoran Marčić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-09-17, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Od ukupno četiri vrste roda Rutilus (Rutilus basak (Heckel, 1843), Rutilus aula (Bonaparte,
1841), Rutilus rutilus (Linnaeus, 1758), Rutilus virgo (Heckel, 1852)) koje možemo pronaći u
Hrvatskoj, čak tri vrste (Rutilus basak, Rutilus aula i Rutilus virgo) su endemi. Iako vrste ovog
roda nemaju nikakav status ugroženosti u Hrvatskoj, svojom brojnošću u sporim tekućicama i
mirnim vodama itekako pridonose pravilnom funkcioniranju ekosustava. Cilj provedenog
istraživanja bio je: objasniti srodstvene odnose pojedinih populacija i vrsta bodorki (rod Rutilus)
u Hrvatskoj, ujedno i procijeniti evolucijska vremena divergencije pojedinih vrsta, opisati
intraspecijsku i intrapopulacijsku gensku raznolikost, interspecijsku gensku različitost te u
konačnici procijeniti efektivnu veličinu populacija i broj migranata po generaciji. Kako bi se
utvrdili srodstveni odnosi među bodorkama u Hrvatskoj i njihov filogenetski položaj,
filogenetska rekonstrukcija temeljena je na sekvencama za citokrom b (cyt b) pomoću tri
metode: najveća parsimonija (MP), najveća vjerojatnost (ML) i metoda susjednog sparivanja
(MJ). Dobivena filogenetska stabla i mreža potvrdili su razdvajanje svih četiri vrsta - vrste
Rutilus rutilus u zasebnu liniju, kao i Rutilus virgo te odvajanje vrste Rutilus aula od vrste
Rutilus basak. Prema dobivenoj procjeni, divergencija unutar roda Rutilus započela je u
miocenskoj epohi i trajala je do pleistocenske epohe. Utvrđena je umjerena genska raznolikost
vrste Rutilus aula, a visoka vrste Rutilus basak, a statistički testovi genske različitosti pokazali
su genski iste populacije vrste Rutilus aula, a nešto različite vrste Rutilus basak. Procijenjene
su male efektivne veličine populacija i nedostatak migracija među populacijama vrste Rutilus
aula, dok su za vrstu Rutilus basak efektivne veličine nekih populacija veće, a nekih populacija
manje uz migriranje jedinki između pojedinih populacija. Dobiveni rezultati mogli bi se koristiti
kao podloga za daljnja istraživanja vrsta roda Rutilus u Hrvatskoj, ali i razmatranju njihovog
statusa ugroženosti, kao i zaštite.

Sažetak (engleski)

Out of four species of genus Rutilus (Rutilus basak (Heckel, 1843), Rutilus aula (Bonaparte,
1841), Rutilus rutilus (Linnaeus, 1758), Rutilus virgo (Heckel, 1852) which can be found in
Croatia, three species (Rutilus basak, Rutilus aula and Rutilus virgo) are endems. Although
species of this genus have no threat status in Croatia, density of their populations in slow
streams and still waters contributes proper functioning of the ecosystems. The aim of this study
was to: describe phylogenetc relationships of individual populations and species of the genus
Rutilus in Croatia, evalute the evolutionary time periods of divergences of species of the genus
Rutilus, describe intraspecific and intrapopulation genetic diversity, interspecific genetic
differentiation and in the end evaluate their effective sizes and number of migrants per
generation. To determine relations between roaches found in Croatia and their phylogenetic
position, phylogenetic reconstruction based on cytochrome b (cyt b) sequences was conducted
using following methods: maximum parsimony (MP), maximum likelihood (ML) and median
joining (MJ). Phylogenetic trees and network revealed the separation of all four species –
separation of Rutilus rutilus and Rutilus virgo and separation Rutilus basak from Rutilus aula.
According to the estimate, divergence within the genus Rutilus began in the miocene and lasted
until pleistocene epoch. Moderate genetic diversity od Rutilus aula and high of Rutilus basak
are determined, furthermore statistic tests of genetic differentiation indicate the same genetic
population of Rutilus aula and a little bit different populations in Rutilus basak. Small effective
sizes and no migrations were estimated within populations of Rutilus aula and higher effective
sizes of Rutilus basak populations with migrations between some populations. The results could
be used in further researches of the genus Rutilus in Croatia, but also in consideration of their
conservation status as well as protection.

• Ključne riječi: Rutilus; filogenija; genska raznolikost; efektivna veličina populacije; evolucijska povijest
• Ključne riječi (engleski): Rutilus; phylogeny; genetic diversity; effective population size; evolutionary history
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:936900
• Studijski program: Naziv: Eksperimentalna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra eksperimentalne biologije (mag. biol. exp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2021-09-17
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-10-14 09:38:58