Utjecaj narušavanja gena HBS1L, PELO, NONO, SND1 na mRNA koja kodira mutirani protein S-adenozilhomocistein-hidrolazu

diplomski rad

• Naslov (engleski): The effect of HBS1L, PELO, NONO and SND1 knock-out on mutated S-adenosylhomocysteine hydrolase mRNA
• Autor: Ena Šimunić
• Mentor: Oliver Vugrek (mentor)
• Član povjerenstva: Jasmina Rokov Plavec (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivan Kodrin (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Snežana Miljanić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivica Đilović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Kemijski odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2020-02-17, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija

Sažetak

S-adenozilhomocistein-hidrolaza (SAHH) je enzim koji katalizira reakciju hidrolize Sadenozil-
L-homocisteina na adenozin i homocistein. SAHH ima ključnu ulogu u održavanju
metilacijskog potencijala u stanici te njegov nedostatak dovodi do teškog metaboličkog
poremećaja. Preliminarni podaci pokazuju da jedna od dosad opisanih mutacija (c.982 T>G),
uz smanjenje aktivnosti enzima uzrokuje i smanjenje razine SAHH mRNA uz smanjenu
razinu proteina SAHH u stanicama pacijenta. Pretpostavlja se da je mehanizam razgradnje
uslijed zastajanja ribosoma tijekom translacije vjerojatni mehanizam razgradnje te mRNA. U
svrhu potvrde hipoteze generirane su četiri stanične linije u kojima su metodom CRISPRCas9
pojedinačno narušeni geni HBS1L, PELO, NONO i SND1, potencijalni ključni čimbenici
u razgradnji mRNA koja kodira mutirani protein SAHH, te je analiziran utjecaj njihovog
narušavanja na razinu ekspresije te mRNA. Rezultati analize razine SAHH mRNA u
staničnim linijama s narušenim genima metodom RT-qPCR pokazuju da jedino u staničnoj
liniji s narušenim genom NONO dolazi do povrata razine ekspresije mutiranog transkripta.

Sažetak (engleski)

S-adenosylhomocystein hydrolase (AHCY) is an enzyme that catalyses hydrolysis of Sadenosyl-
L-homocysteine to adenosine and homocysteine. AHCY has the key role in
maintaining cells' methylation potential, and its deficiency leads to severe metabolic disorder.
Preliminary data shows that one of the mutations described so far (c.982 T>G) leads to
decrease of the enzyme function and also causes a decrease of AHCY mRNA levels together
with decreased AHCY protein levels in patient cells. It can be assumed that no-go decay is the
probable mechanism of AHCY mRNA decay. To test this hypothesis, four knock-out cell
lines have been generated. Using a CRISPR-Cas9 mediated approach, four genes, e.g.
HBS1L, PELO, NONO and SND1 have been proposed as potential key factors in AHCY
mRNA decay. Subsequently, all aforementioned genes have been individually knocked-out,
and knock-out effects on AHCY mRNA expression levels have been analysed. RT-qPCR
results show an expected rise in AHCY mRNA levels only in NONO knock-out cell line.

• Ključne riječi: CRISPR-Cas9; degradacija mRNA; HBS1L; NONO; PELO; SAHH; SND1
• Ključne riječi (engleski): AHCY deficiency; CRISPR-Cas9; mRNA degradation; HBS1L; NONO; PELO; SND1.
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:244028
• Studijski program: Naziv: Kemija; smjerovi: istraživački; Smjer: istraživački; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2020-08-17
• Datum i vrijeme pohrane: 2020-02-21 12:12:59