Neki aspekti iterativnog pretraživanja proteoma

diplomski rad

• Autor: Mihaela Kobovac
• Mentor: Pavle Goldstein (mentor)
• Član povjerenstva: Pavle Goldstein (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Miljenko Huzak (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mladen Vuković (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Josip Tambača (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Matematički odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2017-02-24, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Matematika

Sažetak

Opisali smo postupak traženja motiva iz neke proteinske familije u proteomu nekog organizma. Definirali smo ocjenu sličnosti bloka aminokiselina sa zadanim motivom te dobili da su maksimalne ocjene sličnosti, uz korekciju zbog nejednakih duljina nizova, logistički distribuirane. Pokusali smo ubrzati pretraživanje te smo poboljšali metodu alteracijom iterativnog građenja profila motiva. Analizom rezultata dobivenih traženjem GDSL enzima u proteomu biljke Arabidopsis thaliana pokazalo se da ova metoda daje vrlo dobre rezultate.

Sažetak (engleski)

We have described a procedure for iterative searching of protein motifs in a large set of protein sequences. We have described a similarity score in terms of a log-odds ratio, and established that the scores are following a logistic distribution. Furthermore, we have sped up the search procedure, and adjusted the profile building method. Analyses of results given by searching for GDSL enzymes in a protein of a plant Arabidopsis thaliana showed that our method gives very good results.

• Ključne riječi: iterativno pretraživanje; proteom; enzim; Arabidopsis thaliana
• Ključne riječi (engleski): iterative searching; proteome; enzyme; Arabidopsis thaliana
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:689253
• Studijski program: Naziv: Matematička statistika; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra matematike (mag. math.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-04-26 11:15:28