Računalna analiza obrazaca poliadenilacije glasničke RNA u genomu kralješnjaka

diplomski rad

• Naslov (engleski): Computational analysis of mRNA poliadentilation patterns in vertebrate genomes
• Autor: Ivan Barilar
• Mentor: Kristian Vlahoviček (mentor)
• Član povjerenstva: Kristian Vlahoviček (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mirjana Kalafatić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Željka Vidaković-Cifrek (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2012-02-23, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Amiotrofična lateralna skleroza (ALS) je progresivna neurodegenerativna bolest motoričkih neurona. Zaraženi motorički neuroni nakupljaju deformirane i netopljive proteine u proteinske inkluzije unutar aksona i staničnih tijela. Jedan od proteina prisutnih u tim inkluzijama je TDP-43. Između ostalog, taj protein ima ulogu u ekspresiji gena. Tijekom procesa poliadenilacije veže se na GU-bogat element 3’ UTR regije glasničke RNA b-aducina. U odsutstvu proteina TDP-43 primijećen je značajan pad razine ekspresije b-aducina. Cilj ovog istraživanja bio je upotrebom bioinformatičkih alata pronaći gene s motivima poliadenilacije slične onima u baducina, koji bi mogli vezati TDP-43. Podaci korišteni u ovome projektu (8 genoma kralješnjaka) su preuzeti s genomske baze podataka Ensembl. Napisao sam 17 programa koristeći Perl i Ensembl Perl API da bih izolirao otprilike 600 gena iz ljudskog genoma koji bi mogli biti regulirani s TDP-43. Devet od tih gena opisanih u prijašnjim radovima imali su različite razine ekspresije kod pacijenata s ALS-om. K tome, evolucijska očuvanost poliadenilacijskog signala i GU-bogatog elementa je uočena kod ostalih kralješnjaka.

Sažetak (engleski)

Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a progressive neurodegenerative disease of motor neurons. Affected motor neurons accumulate misshapen and insoluble proteins in proteinaceous inclusions within axons and cell bodies. One of the proteins present in those inclusions is TDP-43. That protein among other things has a role in gene expression. During the polyadenylation process it binds to the GU-rich element of the 3’ UTR region of b-adducin mRNA. In the absence of the protein there is a significant drop observed in the expression levels of b-adducin. The goal of this research was to find out if other genes have similar polyadenylation motifs as badducin, that could bind TDP-43, by using bioinformatics tools. The data used in the project (8 vertebrate genomes) was obtained from the Ensembl genome database. I wrote 17 scripts using the Perl programming language and Ensembl Perl API to isolate around 600 genes from the human genome that could possibly be regulated by TDP-43. Nine of those genes have been described in previous work done on the ALS to have different expression levels in patients with ALS. Additionally, evolutionary conservation of the polyadenylation signal and GU-rich element was observed in other vertebrate species.

• Ključne riječi: ALS; TDP-43; poly(A) motiv; bioinformatika; Ensembl
• Ključne riječi (engleski): ALS; TDP-43; poly(A) motif; bioinformatics; Ensembl
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:902958
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-04-28 09:18:28