Biološka i molekularna karakterizacija novog izolata virusa venske nekroze koleusa

diplomski rad

• Naslov (engleski): Biological and molecular characterization of a new isolate of coleus vein necrosis virus
• Autor: Dominik Herek
• Mentor: Dijana Škorić (mentor)
• Član povjerenstva: Dijana Škorić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Petra Peharec Štefanić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mladen Krajačić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Silvija Černi (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2021-09-14, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Coleus scutellarioides (L.) Benth. ili koleus važna je ukrasna biljka diljem svijeta. Najnovije otkriveni virus koleusa je virus venske nekroze koleusa (Coleus vein necrosis virus, CVNV). CVNV je prvi puta detektiran 2007. godine u Sjevernoj Americi, a zatim i u Europi i to u Hrvatskoj u Botaničkom vrtu u Zagrebu 2018. U rujnu 2020. u Botaničkom vrtu u Zagrebu zapažena su dva nova koleusa sa simptomima nalik na virusne. Cilj ovog rada bio je potvrditi CVNV kao uzročnika infekcija koleusa iz 2020. te usporediti nove virusne izolate s prijašnjima iz Botaničkog vrta. Infekcija CVNV-om potvrđena je biotestom na eksperimentalnim biljkama, umnažanjem dijela gena za kapsidni protein CVNV-a reverznom transkripcijom i lančanom reakcijom polimerazom (RT-PCR) te analizama nukleotidnog slijeda. Jedan od novih izolata analiziran je transmisijskom elektronskom mikroskopijom te su uočeni mogući citopatološki učinci. Nijedan od dva nova izolata nije uspješno inficirao sve poznate domaćinske vrste. Ostale biološke značajke (simptomatologija i uvjeti za uzgoj virus in planta) novih izolata iste su kao kod starijih Zagrebačkih izolata. Filogenetski se jedan od novih izolata značajno razlikuje od starijih, dok je drugi vrlo sličan. Potrebna su dalja istraživanja da se odredi jesu li uzorci ovih razlika biološki ili metodološki.

Sažetak (engleski)

Coleus scutellarioides (L.) Benth., also known as coleus, is a globally important ornamental plant. The most recently discovered viral pathogen of coleus is Coleus vein necrosis virus (CVNV). It was first detected in North America in 2007, and subsequently in Croatia (Europe) in the Botanical garden of the Faculty of Science, Zagreb in 2018. In September 2020, two new coleus plants in the Botanical garden were observed to have virus-like symptoms. The aim of this work was to confirm CVNV as an agent infecting these two coleus plants and compare them to previous isolates from the Botanical garden. The CVNV infection was confirmed by biotest on experimental plants and by reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) amplification and sequence analysis of a region of the viral coat protein gene. One of the isolates was examined by transmission electron microscopy and possible cytopathic effects were identified. Both new CVNV isolates failed to infect all of the known host species, but they didn’t differ from the previous isolates from Zagreb in other biological characteristics (symptomatology, growth conditions in planta). Phylogenetically, one of the new isolates was quite similar to older ones, while the other differed substantially. Further research is needed to see if the differences have biological or methodological basis.

• Ključne riječi: CVNV; Carlavirus; ukrasna kopriva; TEM; RT-PCR
• Ključne riječi (engleski): CVNV; Carlavirus; TEM; RT-PCR
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:150980
• Studijski program: Naziv: Eksperimentalna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra eksperimentalne biologije (mag. biol. exp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2022-09-14
• Datum i vrijeme pohrane: 2021-09-22 09:57:04