Simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima

diplomski rad

• Naslov (engleski): Molecular dynamics simulations of complexes of human dipeptidyl peptidase III with inhibitors
• Autor: Nora Tir
• Mentor: Marko Močibob (mentor)
• Mentor: Sanja Tomić (mentor)
• Član povjerenstva: Marko Močibob (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Sanja Tomić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Zlatko Mihalić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivica Đilović (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Josip Požar (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Kemijski odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2016-06-20, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija

Sažetak

Dipeptidil-peptidaza III (DPP III) je o cinku ovisna peptidaza koja katalizira hidrolizu druge peptidne veze s N-kraja svojih supstrata. Enzim je široke supstratne specifičnosti, nepoznate osnovne fiziološke uloge, široke zastupljenosti među organizmima te prepoznatih uloga u procesima od interesa za razvoj lijekova. U ovom radu provedene su simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske DPP III s dvama inhibitorima za koje su poznati postotci inhibicije u odnosu na sintetski supstrat Arg-Arg-2-naftilamid. Za simulacije su korištene dvije konformacije enzima različite kompaktnosti kako bi se, računima slobodne energije vezanja, utvrdilo koja je povoljnija za vezanje liganda i upoznale interakcije liganda s aminokiselinskim ostatcima te cinkovim ionom u aktivnom mjestu. Dobiveni rezultati mogli bi poslužiti u daljnjem razvoju i testiranju potencijalnih inhibitora ovog enzima.

Sažetak (engleski)

Dipeptidyl peptidase III (DPP III) is a zinc dependent peptidase which catalyses hydrolysis of the second N-terminal peptide bond of its substrates. DPP III is an enzyme of broad substrate specificity and it has been found in many organisms. Although its fundamental physiological role is unknown, it has been recognised in several processes of interest for the drug development. In this thesis, molecular dynamic simulations were done for the complexes of human DPP III with two inhibitors for which the percentages of inhibition have been measured for the Arg-Arg-2-naphthylamide synthetic substrate hydrolysis. Two enzyme conformations of different compactness were used for the simulations. Subsequently, the binding free energies were calculated in order to find out which one is more favorable for ligand binding and to obtain an insight into the ligand-protein interactions. The obtained results might be useful in future development and testing of potential inhibitors of this enzyme.

• Ključne riječi: ljudska dipeptidil-peptidaza III; metalopeptidaze; molekulska dinamika; inhibitori; slobodna energija vezanja; supstratna specifičnost
• Ključne riječi (engleski): human dipeptidyl peptidase III; metallopeptidases; molecular dynamics; inhibitors; free energy of binding; substrate specificity
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:692350
• Studijski program: Naziv: Kemija; smjerovi: istraživački; Smjer: istraživački; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-01-27 10:57:17