Konformacijska analiza makrocikličkih molekula metodama spektroskopije NMR i molekulskog modeliranja

diplomski rad

• Naslov (engleski): Conformational analysis of macrocycles using NMR spectroscopy and molecular modelling
• Autor: Nera Marjanović
• Mentor: Predrag Novak (mentor)
• Mentor: Sanja Koštrun (mentor)
• Član povjerenstva: Predrag Novak (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Branimir Bertoša (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivana Biljan (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Tomislav Jednačak (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Kemijski odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2018-05-21, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija

Sažetak

Da bi se spriječila ili potaknula aktivnost nekog proteina, potencijalni lijek mora ući u stanicu gdje se taj protein nalazi. Permeabilnost predstavlja mjeru sposobnosti lijeka da prođe kroz staničnu membranu. Neki makrociklički lijekovi mogu povećati svoju permeabilnost mijenjajući konformaciju u ovisnosti o sredini u kojoj se nalaze. Jedan od takvih „kameleonskih“ makrocikala je ciklosporin A. U ovom radu istraživani su utjecaj temperature i iona kalcija na konformaciju dva odabrana makrociklička lijeka (rifampicin i fidaksomicin), te su dobiveni rezultati uspoređivani s rezultatima dobivenim za ciklosporin A. Spektroskopija nuklearne magnetske rezonancije i molekulsko modeliranje korišteni su za generiranje najvjerojatnijih konformacijskih stanja in silico. Kompleksiranje metalnih iona s odabranim makrociklima dodatno je potvrđeno spektrometrijom masa.

Sažetak (engleski)

In order to influence the activity of a target protein, the potential drug needs to enter the cell where that protein is located. Ability of a drug to penetrate cell membranes is called permeability. Some of the macrocyclic drugs can increase their permeability through change in their conformation triggered by different surroundings. One of the macrocycles for which it has been proven to have this “chameleonic” ability is Cyclosporin A. In this research, conformational changes caused by temperature increase and addition of metal ions were investigated for two other macrocyclic drugs (Rifampicin and Fidaxomicin). Final results were compared to the ones of Cyclosporin A. Experiments were performed using nuclear magnetic resonance spectroscopy and molecular modelling to generate most probable conformations in silico. Additionally, mass spectrometry was used to confirm the complexation of macrocycles with metal ions.

• Ključne riječi: ciklosporin A; fidaksomicin; konformacijska analiza; NMR; molekulsko modeliranje; permeabilnost; rifampicin
• Ključne riječi (engleski): Cyclosporin A; conformational analysis; Fidaxomicin; NMR; molecular modelling; permeability; Rifampicin
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:619489
• Studijski program: Naziv: Kemija; smjerovi: istraživački; Smjer: istraživački; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-06-05 08:37:15