Primjena triarilboranskog sustava u selektivnom prepoznavanju nukleinskih kiselina i fluorescentnom oslikavanju živih stanica

diplomski rad

• Naslov (engleski): Application of triarylborane system in selective readout of nucleic acids and live cell fluorescence imaging
• Autor: Matea Maslać
• Mentor: Ivo Crnolatac (mentor)
• Član povjerenstva: Jasmina Rokov Plavec (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Iva Juranović Cindrić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ines Primožič (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Morana Dulić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Kemijski odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-02-20, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija

Sažetak

Detekcijske metode se baziraju na fluorescencijskim biljezima koji se koriste za obilježavanje
proteina, određenih DNA/RNA sekvenci i sl. Oni se na DNA/RNA sekvence mogu vezati u
utor, interkalirati ili ostvarivati elektrostatske interakcije. U ovom istraživanju spektroskopski
i kalorimetrijski su okarakterizirane interakcije dva triarilboranska derivata SG224 i SG216 s
nizom jednolančanih i dvolančanih polinukleotida. Spoj SG216 se ne veže na polinukleotide.
Spoj SG224 se veže na DNA/RNA strukture kombinacijom više različitih načina te nije
selektivn prema jednolančanim ili dvolančanim polinukleotidima ni prema DNA ili RNA
uzvojnicama. Istovremeno s procesom vezanja odvija se i neki drugi proces, vjerojatno
agregacija spoja, te se zbog toga ne može preciznije odrediti način vezanja. Pretpostavlja se
da je vezanje u utor najznačajniji način vezanja, što potvrđuje i činjenica da SG224 ne
pokazuje afinitet k vezanju p(dGdC)2 niza, čiji je utor sterički blokiran. Spoj se može koristiti
kao spektropolarimetrijski biljeg za pdA sekvence, jer se prilikom vezanja spoja na pdA
sekvence inducira jaki CD signal na 402 nm. Spoj nema značajan antiproliferativan učinak.

Sažetak (engleski)

Detection methods are based on fluorescence markers which are used for marking proteins,
certain DNA/RNA sequences etc. They bind into the groove, intercalate or achive
electrostatic interactions with DNA/RNA sequences. In this research we spectroscopically and
calorimaterically characterize interactions between two three-aryl-borane derivatives SG224
and SG216 with series of single - and double-stranded polynucleotides. Compound SG216
does not bind to the polynucleotides. Compound SG224 binds to DNA/RNA structures in
several different patterns. However, it´s not selective for neither single- nor double-stranded
polynucleotides or to DNA/RNA helixes. Simultaneously with the binding process, another
process also occurs – most likely aggregation of the compound. Therefore the binding method
cannot be precisely defined. It´s however assumed that binding into the groove is most likely
as it was confirmed by the fact SG224 does not show affinity to bind p(dGdC)2 string, whose
groove is sterically blocked. Compound can be used as spectro-polarimetric marker for pdA
sequences, due to big CD signal on 402 nm that is induced when SG224 binds pdA
sequences. The compound does not have significant antiproliferative effect.

• Ključne riječi: biljeg za pdA sekvence; fluorimetrijski biljeg; SG216; SG224; triarilborani
• Ključne riječi (engleski): marker for pdA sequence; fluorescence marker; SG216; SG224; three-aryl-borane
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:420801
• Studijski program: Naziv: Kemija; smjerovi: istraživački; Smjer: istraživački; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-02-28 14:33:17