Evolucija ključnih peroksisomalnih proteina

diplomski rad

• Naslov (engleski): Evolution of core peroxisomal proteins
• Autor: Hrvoje Mišetić
• Mentor: Toni Gabaldon (mentor)
• Mentor: Damjan Franjević (mentor)
• Član povjerenstva: Damjan Franjević (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Biljana Balen (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Silvija Černi (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Tomislav Ivanković (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-02-08, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Postoji niz neodgovorenih pitanja o evolucijskom podrijetlu peroksisoma. Prije desetak godina provedena je filogenetska analiza peroksisomalnog proteoma u kojoj je otkriven minimalni ancestralni peroksisomalni proteom. Današnja velika količina genomskih podataka pruža idealne uvjete za analizu podrijetla ancestralnog peroksisomalnog proteoma. Kako bi se riješilo to pitanje, filogenetska stabla su napravljena za svaki protein u proteomu i nadopunjena su predikcijama sub-stanične lokalizacije i informacijama o proteinskim domenama s namjerom da se provede detaljna filogenetska analiza. Peroksini Pex1, Pex2, Pex4 i Pex10 imaju zajedničko podrijetlo s komponentama sustava ERAD, Pex5 s komponentama kompleksa koji promovira anafazu (engl. anaphase promoting complex) dok Pex14 nema evolucijsku povezanost s nijednim molekularnim sustavom. Pxa1 i Pxa2 koji imaju ulogu u transportu masnih kiselina imaju neovisno podrijetlo od odgovarajućih proteina u mitohondriju i staničnoj membrani. Dodavanje predstavnika nedavno sekvenciranih eukariotskih koljena i članova Asgard grupe ne mijenja postojeću filogeniju katalaze. Fox1 i Faa2 koji imaju ulogu u peroksisomalnoj β-oksidaciji masnih kiselina imaju neovisno podrijetlo od proteina koji sudjeluju u istom procesu smještenom u mitohondriju-dok Fox2 koji katalizira drugi korak oksidacije masnih kiselina ima podrijetlo iz mitohondrija.

Sažetak (engleski)

There are a lot of unanswered questions about the evolutionary origin of the peroxisome. About ten years ago a phylogenetic analysis of peroxisomal proteome was conducted during which the minimal ancestral eukaryotic peroxisomal proteome was discovered. These days the larger amount of genomic data provides an ideal framework to analyze the origin of the ancestral peroxisome. To address this question, phylogenetic trees for each protein from the proteome were reconstructed and complemented with predictions of subcellular localization and protein domain information to perform a detailed phylogenetic analysis. Peroxins Pex1, Pex2, Pex4 and Pex10 show common origin with the components of ERAD, Pex5 with components of anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C) while Pex14 doesn’t have evolutionary relationship with any molecular system. Pxa1 and Pxa2 that are involved in lipid transport show independent origin from its mitochondrial and cell membrane counterparts. Adding members from newly sequenced eukaryotic phyla and Asgard group didn’t change previously known phylogeny of catalase. Fox1 and Faa2 that are involved with peroxisomal β-oxidation show independent origin from the same process in mitochondria while Fox2 that catalyzes second step of β-oxidation is probably derived from mitochondria.

• Ključne riječi: peroksisom; evolucija; filogenomika
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:704925
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2021-02-08
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-04-02 10:45:35