Ispitivanje interakcija derivata cijanina i piperazina s dvolančanim DNA i RNA spektroskopskim metodama

diplomski rad

• Naslov (engleski): Study of interactions of cyanine-piperazine derivatives with double-stranded DNA and RNA by spectroscopic methods
• Autor: Silvia Pšeničnik
• Mentor: Lidija-Marija Tumir (mentor)
• Član povjerenstva: Iva Juranović Cindrić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ines Primožič (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Željka Soldin (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Snežana Miljanić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Kemijski odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-09-24, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija

Sažetak

U okviru ovog diplomskog rada spektroskopski su okarakterizirane vodene otopine šest novosintetiziranih cijaninskih boja koje sadržavaju benzotiazolnu podjedinicu i metilpiperazinsku, odnosno fenilpiperazinsku podjedinicu. Ispitane su njihove interakcije s dvolančanim polinukleotidima. Interakcije cijaninskih boja s različitim polinukleotidima ispitane su koristeći standardne spektrofotometrijske metode UV/Vis-spektroskopije, termičke denaturacije, fluorimetrije i CD spektroskopije. Otopine spojeva imaju UV/Vis spektar u području od 220 nm do 600 nm i velike molarne ekstincijske koeficijente, a slabi intenzitet fluorescencije spojeva značajno se povećao dodatkom polinukleotida. Ispitani spojevi su akiralni te nemaju CD spektar. Novosintetizirani derivati različito se vežu za polinukleotide različite sekundarne strukture, uz odgovarajuće različite intenzitete fluorescencije. Općenito, fenilpiperazinski spojevi pokazuju slabije vezanje od metilpiperazinskih spojeva. Spektrofotometrijska ispitivanja upućuju većinom na vezanje cijaninske boje u utore DNA/RNA, no kod fenilpiperazinskih derivata može se pretpostaviti interkalativni način vezanja.

Sažetak (engleski)

In the scope of thesis water solution of six newly synthesized cyanine dyes containing the benzothiazole subunit and the methylpiperazine or phenylpiperazine subunits were characterized spectroscopicaly. Their interactions with double-stranded polynucleotides were studied. The interactions of the conjugates with different polynucleotides were studied using standard spectroscopic methods of UV/Vis spectroscopy, thermal denaturation experiments, fluorescence and CD spectroscopy. Aqueous solutions of compounds absorbed in the UV/Vis region 220-600 nm and had a high molar extinction coefficients. Compounds had a large increase in fluorescence intensity upon addition of polynucleotides. Aqueous solutions of compounds had no intrinsic CD spectrum. Novel cyano dyes, although intrinsically non-fluorescent, give rise to strong fluorimetric response upon binding to double-stranded (ds)-DNAs or (ds)-RNA, whereby selectivity in emission response to various polynucleotide secondary structures is controlled by linker length. In general, phenylpiperazine compounds show weaker binding than metylpiperazine compounds. Mostly, new compounds bind to the polynucleotide minor groove, while in case of phenyl-piperazine derivatives intercalation into DNA/RNA was observed.

• Ključne riječi: apsorbancija; cirkularni dikroizam; cijaninske boje; DNA; fluorescencija; RNA
• Ključne riječi (engleski): absorbance; circular dichroism; cyanine dyes; DNA; fluorescence; RNA
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:696021
• Studijski program: Naziv: Kemija; smjerovi: istraživački; Smjer: istraživački; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup; Datum isteka embarga: 2020-03-24
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-09-27 09:03:58