Genska ekspresija i filogenija MATE (Multidrug and toxin extrusion) proteina u zebrici, Danio rerio (Hamilton, 1822)

diplomski rad

• Naslov (engleski): Expression profiling and phylogeny of MATE (Multidrug and toxin extrusion) proteins in zebrafish, Danio rerio (Hamilton, 1822.)
• Autor: Petra Krznar
• Mentor: Tvrtko Smital (mentor)
• Mentor: Goran Klobučar (mentor)
• Član povjerenstva: Goran Klobučar (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Tvrtko Smital (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Kristian Vlahoviček (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mirjana Kalafatić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prirodoslovno-matematički fakultet; (Biološki odsjek); Zagreb
• Datum i država obrane: 2013-02-11, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Biologija

Sažetak

Apsorpcija, distribucija, transformacija i eliminacija predstavljaju ključne dijelove metabolizma endo- i ksenobiotika. U posljednjem koraku eliminacije sudjeluju i tzv. MATE (Multidrug and toxin extrusion) proteini koji izbacuju kemikalije iz stanice. MATE proteini su pronađeni u gotovo svim organizmima, od bakterija do ljudi. Kod ljudi su pronađena tri MATE proteina (MATE1, MATE2, MATE2-K), dok je kod većine kralježnjaka pronađeno dva MATE proteina. MATE geni su prisutni u svim tkivima, pri čemu su najviše eksprimirani u bubrezima i jetri, najvažnijim detoksikacijskim organima. Trenutno znanje o MATE proteinima je bazirano isključivo na MATE proteinima sisavaca. Stoga smo željeli istražiti MATE proteine riba, koristeći zebricu (Danio rerio, Hamilton, 1822.) kao modelni organizam. Prikazali smo prvu komparativnu filogeniju MATE proteina od bakterija do ljudi i identificirali pet MATE gena u zebrici. MATE geni u zebrici su dodatno karakterizirani određivanjem ekspresije mRNA u tkivima muških i ženskih riba.

Sažetak (engleski)

Absorption, distribution, transformation and elimination present key processes of metabolism of endo- and xenobiotics. The last step of their elimination includes so-called MATE (Multidrug and toxin extrusion) proteins which efflux chemicals from the cell. MATE proteins are found in almost all organisms, ranging from bacteria to humans. Three MATE proteins are found in humans (MATE1, MATE2, MATE2-K), while in most vertebrates two MATEs are found. MATE genes are present ubiquitously throughout body and are mostly expressed in kidneys and liver, the most important detoxification organs. Since current knowledge about MATEs is limited to mammals, the idea behind this study was to explore MATEs in fish using zebrafish (Danio rerio, Hamilton, 1822) as a model species. First comprehensive phylogenetic analysis of MATEs, from bacteria to humans have been conducted and five MATE genes have been identified in zebrafish. Five zebrafish MATEs where further characterized in terms of their mRNA expression across tissues of male and female fish.

• Ključne riječi: ADME; izbacivanje iz stanice; qRT-PCR; genomska duplikacija; topologija; klasifikacija
• Ključne riječi (engleski): ADME; efflux; qRT-PCR; genome duplication; topology; classification
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:217:746474
• Studijski program: Naziv: Molekularna biologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-04-27 09:53:51